7-2) 精密化した電子密度マップの調査では、残基が電子密度によく一致しているのに、 検証レポートではなぜ、RSRZ外れ値が指摘されるのでしょうか? - validation FAQ -
現在、検証レポートでは、EDS手続きの中で、REFMACプログラムを使って計算したマップを使って、電子密度への一致度を評価しています (一つ前のFAQをご覧ください)。 もし、あなたの電子密度マップの調査ではよく一致しているのに、検証レポートではRSRZ外れ値が指摘される場合、 たいていの原因は、REFMACがマップを正しく計算しなかったということにあります。 大変申し訳ありませんが、こういった事態はしばしば起こります。 現在、以下の構造の場合に、問題が起こることがわかっています。
- 水素原子を含む場合に、Phenixを使って精密化された、やや低分解能の構造
- 低分解能の異方性の構造
- Phenixツインオプションで精密化された構造
現在、マップ一致度についての検証の信頼性を改善すべく、別の手順にも取り組んでいます。
最新情報は、wwPDBサイト原文 (英語)もご覧ください。
作成日: 2016-12-27