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7-1) PDBでは、RSRZをどのように計算していますか? - validation FAQ -

RSRZは、 Uppsala EDSサーバ*1)によって使用されるソフトウェアの再実装である、 検証パイプライン中のEDS (電子密度サーバ、Electron-Density Server)コンポーネントによって計算されます (Kleywegt et al., 2004)。 計算は、以下の一連の過程に従います。

  • REFMACプログラムを使用して、アップロードされたモデル座標と構造因子に基づいた電子密度マップを計算します。
  • モデルと2Fo-Fc電子密度マップの重なりは、実空間のR因子 (RSR)を計算することによって判断されます。 RSRは、原子モデルの一部(今の場合1残基)と実空間のデータ(Jones et al., 1991)との重なり度を測る基準です。 RSRは、USF MAPMANソフトウェアツールを使って計算されます (説明はTickle (2012)を参照してください)。
  • RSRのZ値(RSRZ)は、ある残基のタイプと分解能シェルに固有のRSRの正規化です (Kleywegt et al., 2004)。 すなわち、RSRZにより、ある分解能でのPDB構造に対して、特定の残基タイプの代表的な一致度合を比較できることを意味します。 RSRZは、蛋白質中の標準アミノ酸と、DNAやRNA鎖など核酸に対してのみ、計算されます。

*1) Uppsala Electron Density Server (EDS)は、2017年中にウェブサービスを終了します。


最新情報は、wwPDBサイト原文 (英語)もご覧ください。

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作成日: 2016-12-27

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件を2024-03-27に公開中

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