6-4) リガンドの検証において、登録・検証サーバの初期のレポートと、 アノテーション後にスタッフから送付される最終版のレポートで、結果に多くの矛盾があるのはなぜですか？ - validation FAQ -

例えば、リガンドの外れ値は、一般向けの検証サーバや、登録サーバでは、指摘されませんが、PDBのアノテーション処理の中で、指摘されました。

Mogulが妥当な結果を出すためには、リガンドの正しい結合配置をプログラムに提供することが必要です。 最終的なレポートに対しては、結合次数が定義された、PDBの化合物辞書が使用されます。

現在は、初期の検証レポートでは、CCDCのプログラムGold_utilsを使用して、結合性を見つけ、ユーザが提供した座標のみから、結合性と結合次数を割り当てています。 この手続きは、通常は上手く行きますが、特に、異常なリガンド幾何学の場合などには、間違った結果になることがあります。 wwPDBでは現在、以下のような数多くの改良点に取り組んでいます。

• 登録や検証に使用されたmmCIF座標ファイルの中に、リガンドの化学情報や制限情報を含めるために、結晶学のソフトウェア開発者と協力すること。 このことは、より信頼できる情報が利用できるようになるということです。
• 割り当て問題が迅速に診断できるように、Mogulに提供された化学に関して、ユーザーのフィードバックを提供すること。 この情報は、理想的には、検証レポート中で、２次元化合物図として提供することが望まれます。
• もしユーザが、リガンドに明示的な水素原子を加えるのであれば、検証パイプラインは、リガンドの結合次数の設定の際に、この情報を使用するべきです。 このことは、実際に問題の解決へとつながるはずです。

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最新情報は、wwPDBサイト原文 （英語）もご覧ください。

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