6-3) PDBが使用している、リガンド分子の幾何構造の基準を教えてください。また、REFMAC/PHENIX/BUSTERなどと異なるのはなぜですか？ - validation FAQ -

wwPDBの検証レポートは、Mogulを使用して、 リガンド幾何学のレポートを作成しています。 低分子構造からの情報を含むリガンドの制限情報を引き出すためには、以下のような良い方法があります。

• CCP4のACEDRGプログラム　（別の低分子構造のオープンデータベースCODを使う）
• Phenix Elbow （ライセンスを持つMogulプログラムをインストール済の場合は特に）
• Global Phasing Gradeプログラム （ライセンスを持つMogulプログラムがインストール済みであることが前提）
• Global Phasing Gradeウェブサーバー http://grade.globalphasing.org/ （Mogulを使用しますが、インストールやライセンスを必要としません。但し、機密でないリガンドの場合のみ、使うべきです）
• CCP4 Pyrogenプログラム（ライセンスを持つMogulプログラムがインストール済みであることが前提）

こういったプログラムを使用することで、新しい検証レポートでは、リガンド幾何学の外れ値は、制限問題からは生じないということを保証するはずです。