CIF QUERY　サービス

概要

CIFクエリサービスは、XPath検索でPDBMLファイルからその一部を取り出すのと似た方法で、mmCIFファイルの一部分を取り出すことができます。XPath検索のように条件付きで検索することはできませんが、もし希望があるなら実装を検討します。また、mmCIFクエリサービスではXPath検索とは異なり、atom_siteカテゴリや巨大構造エントリーも検索することができます。

例

PDB ID「1GOF」のmmCIF内容を得る

1gof

PDB ID「1GOF」の化合物情報のmmCIF内容を得る

1gof/chem_comp

PDB ID「1GOF」の化合物情報のIDと化学式量のmmCIF内容を得る

1gof/chem_comp.id,formula_weight

PDB ID「1GOF」の化合物情報のIDと化学式量とpdbx_entity_nonpolyのmmCIF内容を得る

1gof/chem_comp.name,id,formula_weight;pdbx_entity_nonpoly

指定したPDBIDの構造名を得る

PDBID/struct.title

指定したPDB IDのヘッダ情報を得る

PDBID/struct_keywords.pdbx_keywords

指定したPDB IDのシート情報を得る

PDBID/struct_sheet_range

指定したPDB IDの化合物情報を得る

PDBID/entity

指定したPDB IDのらせん情報を得る

PDBID/struct_conf

指定したPDB IDのseqres情報を得る

PDBID/pdbx_poly_seq_scheme

指定したPDB IDの遺伝子源生物の学名を得る

PDBID/entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

指定したPDB IDのソース生物のTaxonomyIDを得る

PDBID/entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id