化合物検索

検索

PDBjのChemieサービスを使うと、PDBエントリー中に見られる蛋白質や核酸以外の化合物に対して、更に詳しく調べることができます。 化合物は、PDBjのChemie search（化合物の検索）を使って検索することができます。

検索できる項目は次の通りです。

• 簡易検索 (全ての化合物項目とメタデータの検索)
• コード (3文字表記の化合物ID)
• 分子名
• 化学式
• SMILES 表現
• InChi 表現

注釈:

• 簡易検索のクエリ中でワイルドカード「*」を使用すると、部分的にテキストが一致する結果が得られます。 例えば、"pyridinyl*"で検索すると、pyridinylから始まる化合物の結果が得られます。
• 分子名で検索する場合は、ワイルドカード検索が自動的に行われます。
• SMILES項目を使用して検索を行うと、SMILES表現が化学的フィンガープリントに変換され、完全一致と部分一致に対する検索が行われます。 あるいは、全文検索を行う場合は、”簡易検索”を使用して、クエリの先頭に”@smiles”を追加してください。
• InChI表現は、常に全文検索の方法で検索が行われます。

検索結果

ページ上部の検索ボックスを使って検索すると、デフォルトでは簡易検索が行われます。 検索結果は、MineのPDB検索結果とよく似たレイアウトで表示されます。

探究

検索結果のエントリー（化合物コード）を選択すると、MineのPDBエントリーとよく似たレイアウトで、更に詳細な情報が表示されます。

各エントリーごとに3つのタブがあります。

• 1番目のタブには、化合物の概要が示されます
• 2番目のタブには、幾何学データが示されます（結合長や結合角、ねじれ等）
• 3番目のタブには、この化合物を含む、全てのPDBエントリーの一覧が表示されます

右側のメニューには、化合物分子の2次元表現（SVGフォーマット）と、 molmilを使った対話的な3次元表現が示されています。 "+"アイコンをクリックすると、2次元又は3次元の画像が、別の大きいウインドウで開きます。

化合物辞書に関して詳しくはwwPDBの化合物辞書のページをご覧下さい。