化合物検索
検索
PDBjのChemieサービスを使うと、PDBエントリー中に見られる蛋白質や核酸以外の化合物に対して、更に詳しく調べることができます。 化合物は、PDBjのChemie search(化合物の検索)を使って検索することができます。![](/cms-data/media/help_pages/chemie_search_j.png)
- 簡易検索 (全ての化合物項目とメタデータの検索)
- コード (3文字表記の化合物ID)
- 分子名
- 化学式
- SMILES 表現
- InChi 表現
- 簡易検索のクエリ中でワイルドカード「*」を使用すると、部分的にテキストが一致する結果が得られます。 例えば、"pyridinyl*"で検索すると、pyridinylから始まる化合物の結果が得られます。
- 分子名で検索する場合は、ワイルドカード検索が自動的に行われます。
- SMILES項目を使用して検索を行うと、SMILES表現が化学的フィンガープリントに変換され、完全一致と部分一致に対する検索が行われます。 あるいは、全文検索を行う場合は、”簡易検索”を使用して、クエリの先頭に”@smiles”を追加してください。
- InChI表現は、常に全文検索の方法で検索が行われます。
検索結果
ページ上部の検索ボックスを使って検索すると、デフォルトでは簡易検索が行われます。 検索結果は、MineのPDB検索結果とよく似たレイアウトで表示されます。![](/cms-data/media/help_pages/chemie_search_retults_j.png)
探究
検索結果のエントリー(化合物コード)を選択すると、MineのPDBエントリーとよく似たレイアウトで、更に詳細な情報が表示されます。![](/cms-data/media/help_pages/chemie_entry_000.png)
- 1番目のタブには、化合物の概要が示されます
- 2番目のタブには、幾何学データが示されます(結合長や結合角、ねじれ等)
- 3番目のタブには、この化合物を含む、全てのPDBエントリーの一覧が表示されます
化合物辞書に関して詳しくはwwPDBの化合物辞書のページをご覧下さい。
作成日: 2015-07-09 (最終更新日: more than 1 year ago)