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Yorodumi- PDB-6vbf: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Domain o... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vbf | ||||||
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Title | 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Domain of Two-component System Response Regulator from Acinetobacter baumannii | ||||||
Components | Two-component regulatory system response regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / two-component system response regulator | ||||||
Function / homology | Function and homology information phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: 1.85 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-terminal Domain of Two-component System Response Regulator from Acinetobacter baumannii Authors: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Wiersum, G. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6vbf.cif.gz | 108 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6vbf.ent.gz | 86 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6vbf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/6vbf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14501.115 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Gene: rstA, NCTC13305_01717 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): magic / References: UniProt: A0A380UY17 #2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Protein: 7.6 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3; Screen: PEGs II (H8), 0.2M Calcium acetate, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000. Cryo: 0.2M Calcium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 30 %(w/v) PEG 4000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2019 / Details: C(111) |
Radiation | Monochromator: Be / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→30 Å / Num. obs: 25198 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.071 / Χ2: 1.268 / Net I/σ(I): 28.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1210 / CC1/2: 0.905 / CC star: 0.975 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.839 / Rsym value: 0.776 / Χ2: 1.001 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→29.394 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 6.047 / SU ML: 0.09 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.122 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.519 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→29.394 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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