+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6o93 | ||||||
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Title | D-alanyl transferase DltD from Enterococcus faecalis | ||||||
Components | D-alanyl transferase DltD | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / D-alanine / D-alanylation / lipoteichoic acid / LTA / D-alanyl lipoteichoic acid / cell wall / Gram-positive bacteria | ||||||
Function / homology | DltD / D-alanyl-lipoteichoic acid biosynthesis DltD, Firmicutes / DltD protein / lipoteichoic acid biosynthetic process / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / PHOSPHATE ION / Protein DltD Function and homology information | ||||||
Biological species | Enterococcus faecalis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.178 Å | ||||||
Authors | Shakhashiro, M. / Korotkov, K.V. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: D-alanyl transferase DltD from Enterococcus faecalis Authors: Shakhashiro, M. / Williamson, Z.A. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6o93.cif.gz | 250.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6o93.ent.gz | 202.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6o93.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6o93_validation.pdf.gz | 411.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6o93_full_validation.pdf.gz | 411.4 KB | Display | |
Data in XML | 6o93_validation.xml.gz | 18 KB | Display | |
Data in CIF | 6o93_validation.cif.gz | 26.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o9/6o93 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3bmaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 45735.000 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 31-424 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterococcus faecalis (strain ATCC 700802 / V583) (bacteria) Strain: ATCC 700802 / V583 / Gene: dltD, EF_2746 / Plasmid: pRSF-NT / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) / References: UniProt: Q830N3 |
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-Non-polymers , 5 types, 274 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64.12 % / Description: hexagonal prism |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.2 Details: 0.1 M Na2HPO4-citric acid pH 4.2, 1.6 M Na2HPO4, 0.4 M K2HPO4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Mar 2, 2019 Details: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror water | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.178→45.962 Å / Num. obs: 31722 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 6.934 % / Biso Wilson estimate: 28.912 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rrim(I) all: 0.194 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 10.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3BMA Resolution: 2.178→45.962 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.26 / Phase error: 19.6 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 99.49 Å2 / Biso mean: 31.07 Å2 / Biso min: 11.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.178→45.962 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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