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Yorodumi- PDB-6ghx: Alzheimer's Amyloid-Beta Peptide Fragment 31-35 in Complex with C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ghx | ||||||
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Title | Alzheimer's Amyloid-Beta Peptide Fragment 31-35 in Complex with Cd-substituted Thermolysin | ||||||
Components | Thermolysin | ||||||
Keywords | HYDROLASE / peptidase / protein-peptide complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus stearothermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.156 Å | ||||||
Authors | Leite, J.P. / Gales, L. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: FEBS Lett. / Year: 2019 Title: Alzheimer's A beta1-40peptide degradation by thermolysin: evidence of inhibition by a C-terminal A beta product. Authors: Leite, J.P. / Gales, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ghx.cif.gz | 153.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ghx.ent.gz | 119.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ghx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ghx_validation.pdf.gz | 455.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6ghx_full_validation.pdf.gz | 469.1 KB | Display | |
Data in XML | 6ghx_validation.xml.gz | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6ghx_validation.cif.gz | 26.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/6ghx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/6ghx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5onpC 5onqC 5onrC 1keiS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 34360.336 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Geobacillus stearothermophilus (bacteria) / References: UniProt: P43133, thermolysin |
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-Non-polymers , 5 types, 375 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-CD / | #4: Chemical | ChemComp-DMS / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.73 % / Mosaicity: 0.06 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: evaporation / pH: 6 Details: 50 mM MES: 45% DMSO: 0.7-0.9 M NaCl: 0-0.4 M CdCl2: reservoir solution containing 30-40% ammonium sulphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.07227 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 18, 2018 Details: Be CRL lenses for vertical focusing and Rh/Pt/Si coated ellipitcal mirror for horizontal focusing | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.07227 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.16→46.53 Å / Num. obs: 114872 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 17.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 17.2 / Num. measured all: 1989653 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdbid 1kei Resolution: 1.156→46.53 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 78.87 Å2 / Biso mean: 23.7965 Å2 / Biso min: 11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.156→46.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 11.4159 Å / Origin y: 30.4364 Å / Origin z: -2.5505 Å
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Refinement TLS group |
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