+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b5p | ||||||
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Title | Structure of PfCSP peptide 20 with human antibody CIS42 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Malaria / pfCSP / vaccine / antibodies | ||||||
Function / homology | Function and homology information entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.297 Å | ||||||
Authors | Pancera, M. / Weidle, C. | ||||||
Citation | Journal: Nat. Med. / Year: 2018 Title: A human monoclonal antibody prevents malaria infection by targeting a new site of vulnerability on the parasite. Authors: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, ...Authors: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, H.X. / Haynes, B.F. / Wiehe, K. / Trama, A.M. / Saunders, K.O. / Gladden, M.A. / Monroe, A. / Bonsignori, M. / Kanekiyo, M. / Wheatley, A.K. / McDermott, A.B. / Farney, S.K. / Chuang, G.Y. / Zhang, B. / Kc, N. / Chakravarty, S. / Kwong, P.D. / Sinnis, P. / Bhatia, S.N. / Kappe, S.H.I. / Sim, B.K.L. / Hoffman, S.L. / Zavala, F. / Pancera, M. / Seder, R.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6b5p.cif.gz | 243.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6b5p.ent.gz | 209.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6b5p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6b5p_validation.pdf.gz | 439 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6b5p_full_validation.pdf.gz | 439.9 KB | Display | |
Data in XML | 6b5p_validation.xml.gz | 17.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6b5p_validation.cif.gz | 24.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5p | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6b5lC 6b5mC 6b5nC 6b5oC 6b5rC 6b5sC 6b5tC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 1166.155 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) References: UniProt: P02893*PLUS |
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#2: Antibody | Mass: 23617.463 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Antibody | Mass: 22755.172 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 15% PEG3350, 9% Isopropanol, 0.12M Ammonium Citrate pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→32.537 Å / Num. obs: 18859 / % possible obs: 82.6 % / Redundancy: 5.6 % / Net I/σ(I): 19.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.297→32.537 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.297→32.537 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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