+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6a3v | ||||||
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Title | Complex structure of human 4-1BB and 4-1BBL | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / complex structure / agonist monoclonal antibody / cross-linking | ||||||
Function / homology | Function and homology information tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of T cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity ...tumor necrosis factor receptor superfamily binding / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / TNFs bind their physiological receptors / regulation of immature T cell proliferation in thymus / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of T cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / cytokine activity / cell-cell signaling / signaling receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of apoptotic process / immune response / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / apoptotic process / extracellular space / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.391 Å | ||||||
Authors | Li, Y. / Zhang, C. / Chai, Y. / Qi, J. / Tien, P. / Gao, S. / Gao, G.F. | ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2018 Title: Limited Cross-Linking of 4-1BB by 4-1BB Ligand and the Agonist Monoclonal Antibody Utomilumab. Authors: Li, Y. / Tan, S. / Zhang, C. / Chai, Y. / He, M. / Zhang, C.W. / Wang, Q. / Tong, Z. / Liu, K. / Lei, Y. / Liu, W.J. / Liu, Y. / Tian, Z. / Cao, X. / Yan, J. / Qi, J. / Tien, P. / Gao, S. / Gao, G.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
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PDB format | pdb6a3v.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6a3v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6a3v_validation.pdf.gz | 671.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6a3v_full_validation.pdf.gz | 720.9 KB | Display | |
Data in XML | 6a3v_validation.xml.gz | 114.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6a3v_validation.cif.gz | 149.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/6a3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/6a3v | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6a3wC 5l36S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21517.334 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TNFSF9 / Production host: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 / References: UniProt: P41273 #2: Protein | Mass: 17523.689 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TNFRSF9, CD137, ILA / Production host: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 / References: UniProt: Q07011 #3: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M sodium iodide, 0.1M Bis Tris propane, pH 7.5, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9789 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 4, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9789 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.391→44.666 Å / Num. obs: 60878 / % possible obs: 98.82 % / Redundancy: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 10.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.4→3.52 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5L36 Resolution: 3.391→44.666 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.36 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.391→44.666 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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