+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y7q | ||||||
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Title | Crystal structure of paFAN1 bound to 2nt 5'flap DNA with gap | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/DNA / Nuclease / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / 5'-flap endonuclease activity / phosphodiesterase I activity / 5'-3' exonuclease activity / interstrand cross-link repair / manganese ion binding / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Jin, H. / Cho, Y. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2018 Title: Structural mechanism of DNA interstrand cross-link unhooking by the bacterial FAN1 nuclease. Authors: Jin, H. / Roy, U. / Lee, G. / Scharer, O.D. / Cho, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y7q.cif.gz | 283.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y7q.ent.gz | 225.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y7q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y7q_validation.pdf.gz | 451.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5y7q_full_validation.pdf.gz | 460.4 KB | Display | |
Data in XML | 5y7q_validation.xml.gz | 21.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5y7q_validation.cif.gz | 29.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/5y7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/5y7q | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5y7gC 5z6wC 4r8aS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 66913.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: fan1, PA1865 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9I2N0, phosphodiesterase I |
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#2: DNA chain | Mass: 3131.050 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#3: DNA chain | Mass: 3894.575 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#4: DNA chain | Mass: 7319.739 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.74 Å3/Da / Density % sol: 55.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 0.1M HEPES (pH7.2), 25%(w/v) PEG 8000, 30mM Gly-gly-gly |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 5, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.49→50 Å / Num. obs: 31458 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 35.5 |
Reflection shell | Rmerge(I) obs: 2.416 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.649 / Rsym value: 2.416 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4R8A Resolution: 2.7→33.71 Å / SU ML: 0.48 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→33.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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