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Yorodumi- PDB-5vid: Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein bi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vid | ||||||
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Title | Receptor binding domain of BoNT/B in complex with mini-protein binder Bot.0671.2 | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / mini-protein binder / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Clostridium botulinum (bacteria) unidentified (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Jin, R. / Lam, K. / Yao, G. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2017 Title: Massively parallel de novo protein design for targeted therapeutics. Authors: Chevalier, A. / Silva, D.A. / Rocklin, G.J. / Hicks, D.R. / Vergara, R. / Murapa, P. / Bernard, S.M. / Zhang, L. / Lam, K.H. / Yao, G. / Bahl, C.D. / Miyashita, S.I. / Goreshnik, I. / ...Authors: Chevalier, A. / Silva, D.A. / Rocklin, G.J. / Hicks, D.R. / Vergara, R. / Murapa, P. / Bernard, S.M. / Zhang, L. / Lam, K.H. / Yao, G. / Bahl, C.D. / Miyashita, S.I. / Goreshnik, I. / Fuller, J.T. / Koday, M.T. / Jenkins, C.M. / Colvin, T. / Carter, L. / Bohn, A. / Bryan, C.M. / Fernandez-Velasco, D.A. / Stewart, L. / Dong, M. / Huang, X. / Jin, R. / Wilson, I.A. / Fuller, D.H. / Baker, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vid.cif.gz | 944.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vid.ent.gz | 792.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vid.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vi/5vid | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5vliC 5vmrC 2nm1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52534.145 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) / Gene: botB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P10844, bontoxilysin #2: Protein | Mass: 7601.563 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) unidentified (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 56.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100 mM Tris, pH 8.0, 25 % PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 19, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.75→87.31 Å / Num. obs: 85598 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.75→2.8 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.803 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4495 / CC1/2: 0.701 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2NM1 Resolution: 2.75→67.529 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.37
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→67.529 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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