+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5o6s | |||||||||
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Title | UbV.B4R, a dimeric ubiquitin variant binding to BIRC4 RING | |||||||||
Components | Polyubiquitin-B | |||||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Ubiquitin variant | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | |||||||||
Authors | Gabrielsen, M. / Buetow, L. / Huang, D.T. | |||||||||
Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Mol. Cell / Year: 2017 Title: A General Strategy for Discovery of Inhibitors and Activators of RING and U-box E3 Ligases with Ubiquitin Variants. Authors: Gabrielsen, M. / Buetow, L. / Nakasone, M.A. / Ahmed, S.F. / Sibbet, G.J. / Smith, B.O. / Zhang, W. / Sidhu, S.S. / Huang, D.T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5o6s.cif.gz | 189.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5o6s.ent.gz | 154.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5o6s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5o6s_validation.pdf.gz | 466.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5o6s_full_validation.pdf.gz | 471.7 KB | Display | |
Data in XML | 5o6s_validation.xml.gz | 16.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5o6s_validation.cif.gz | 22.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/5o6s | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5o6tC 5o75C 5o76C 1ubqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9242.483 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Variant of ubiquitin identified from phage-display / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: UBB / Plasmid: pGEX4T.1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: (0.2 M Zinc acetate, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 40 % PEG 300 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→58.79 Å / Num. obs: 8941 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 58.4 Å2 / CC1/2: 0.966 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 3.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3.07 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Num. unique obs: 1423 / CC1/2: 0.725 / Rpim(I) all: 0.513 / % possible all: 99.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1UBQ Resolution: 2.9→58.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.833 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.785 / Rfactor Rfree error: 0 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.551
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Displacement parameters | Biso mean: 58.27 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.9→58.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→3.24 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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