+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4k6l | ||||||
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Title | Structure of Typhoid Toxin | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / complex / bacterial toxin / sugar | ||||||
Function / homology | Function and homology information NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases / endonuclease activity / toxin activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.393 Å | ||||||
Authors | Gao, X. / Song, J. / Galan, J. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Structure and function of the Salmonella Typhi chimaeric A(2)B(5) typhoid toxin. Authors: Song, J. / Gao, X. / Galan, J.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4k6l.cif.gz | 426 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4k6l.ent.gz | 352.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4k6l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4k6l_validation.pdf.gz | 487.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4k6l_full_validation.pdf.gz | 498.9 KB | Display | |
Data in XML | 4k6l_validation.xml.gz | 42 KB | Display | |
Data in CIF | 4k6l_validation.cif.gz | 58.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k6l | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 12563.042 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: unp residues 24-137 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (bacteria) Gene: STY1891, t1107 / Plasmid: PET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: Q8Z6A3 #2: Protein | | Mass: 28149.777 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 23-269 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (bacteria) Gene: cdtB, STY1886, t1111 / Plasmid: PET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q8Z6A7, Hydrolases; Acting on ester bonds #3: Protein | | Mass: 25117.145 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 19-242 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (bacteria) Gene: STY1890, t1108 / Plasmid: PET-28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 References: UniProt: Q8Z6A4, Transferases; Glycosyltransferases; Pentosyltransferases #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 1.6 M sodium formate and 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944 / Detector: CCD / Date: Jan 9, 2013 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→32 Å / Num. all: 43611 / Num. obs: 43127 / % possible obs: 0.989 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 41.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / % possible all: 95.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ID, 1SR4, 1PRT, 3DWP Resolution: 2.393→31.908 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.393→31.908 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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