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Yorodumi- PDB-4itm: Crystal structure of "apo" form LpxK from Aquifex aeolicus in com... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4itm | ||||||
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Title | Crystal structure of "apo" form LpxK from Aquifex aeolicus in complex with ATP at 2.2 angstrom resolution | ||||||
Components | Tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / membrane protein / kinase / lipid A / P-loop / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / disaccharide-1-phosphate 4'-kinase / membrane / ipid metabolism / tetraacyldisaccharide 4'-kinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information tetraacyldisaccharide 4'-kinase / tetraacyldisaccharide 4'-kinase activity / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aquifex aeolicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1994 Å | ||||||
Authors | Emptage, R.P. / Pemble IV, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R.H. / Zhou, P. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Mechanistic Characterization of the Tetraacyldisaccharide-1-phosphate 4'-Kinase LpxK Involved in Lipid A Biosynthesis. Authors: Emptage, R.P. / Pemble, C.W. / York, J.D. / Raetz, C.R. / Zhou, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4itm.cif.gz | 147.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4itm.ent.gz | 113.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4itm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4itm_validation.pdf.gz | 872.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4itm_full_validation.pdf.gz | 875.7 KB | Display | |
Data in XML | 4itm_validation.xml.gz | 15 KB | Display | |
Data in CIF | 4itm_validation.cif.gz | 21 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/4itm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/4itm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4itlC 4itnC 4ehxS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 36597.730 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex aeolicus (bacteria) / Strain: VF5 / Gene: lpxK, aq_1656 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: O67572, tetraacyldisaccharide 4'-kinase |
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-Non-polymers , 5 types, 143 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ATP / |
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#3: Chemical | ChemComp-EPE / |
#4: Chemical | ChemComp-MPD / ( |
#5: Chemical | ChemComp-GOL / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: HEPES, MPD, NaCl, DDM, Glycerol, EDTA, ATP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-BM / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.199→50 Å / Num. all: 23700 / Num. obs: 23000 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4EHX Resolution: 2.1994→24.507 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.22 / Phase error: 19.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 153.84 Å2 / Biso mean: 30.2762 Å2 / Biso min: 6.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1994→24.507 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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