+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4fhm | ||||||
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Title | Nup37-Nup120(aa1-961) complex from Schizosaccharomyces pombe | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN/OXIDOREDUCTASE / PROTEIN COMPLEX / STRUCTURAL PROTEIN / NUCLEAR PORE COMPLEX / MRNA TRANSPORT / PROTEIN TRANSPORT / WD REPEAT / HELICAL DOMAIN / TRANSLOCATION / TRANSPORT / STRUCTURAL PROTEIN-OXIDOREDUCTASE complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / SUMOylation of chromatin organization proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / nuclear pore outer ring ...Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / SUMOylation of chromatin organization proteins / Transcriptional regulation by small RNAs / nuclear pore outer ring / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear pore / nuclear periphery / nuclear envelope / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Schizosaccharomyces pombe 972h- (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 4.339 Å | ||||||
Authors | Bilokapic, S. / Schwartz, T.U. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2012 Title: Molecular basis for Nup37 and ELY5/ELYS recruitment to the nuclear pore complex. Authors: Bilokapic, S. / Schwartz, T.U. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4fhm.cif.gz | 545.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4fhm.ent.gz | 452.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4fhm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4fhm_validation.pdf.gz | 445 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4fhm_full_validation.pdf.gz | 481.8 KB | Display | |
Data in XML | 4fhm_validation.xml.gz | 48.3 KB | Display | |
Data in CIF | 4fhm_validation.cif.gz | 64.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/4fhm | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a dimer. The asymmetric unit is the same as the biological assembly. |
-Components
#1: Protein | Mass: 43048.312 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schizosaccharomyces pombe 972h- (yeast) Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: Nup37, SPAC4F10.18 / Plasmid: modified pETduet / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O36030 |
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#2: Protein | Mass: 109727.008 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: fragment 1-961 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schizosaccharomyces pombe 972h- (yeast) Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: nup120, SPBC3B9.16c / Plasmid: modified pETduet / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O43044 |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 6.83 Å3/Da / Density % sol: 82 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 10mM HEPES/NaOH pH7.5, 1.9 M MgOAc , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 17, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 4.339→71.419 Å / Num. obs: 28523 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.8 % / Rsym value: 0.226 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Rmerge(I) obs: 0.015 / Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 4.339→64.497 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.34 / Phase error: 42.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 710.05 Å2 / Biso mean: 319.1173 Å2 / Biso min: 142.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.339→64.497 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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