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Yorodumi- PDB-4d65: Structure of porin Omp-Pst2 from P. stuartii; the asymmetric unit... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4d65 | ||||||
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Title | Structure of porin Omp-Pst2 from P. stuartii; the asymmetric unit contains a dimer of trimers. | ||||||
Components | PORIN 2 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / STERIC-ZIPPER / BACTERIAL JUNCTION / DIMER OF TRIMERS | ||||||
Function / homology | Function and homology information porin activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | PROVIDENCIA STUARTII (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Nasrallah, C. / Colletier, J.P. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Porin self-association enables cell-to-cell contact inProvidencia stuartiifloating communities. Authors: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / ...Authors: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / Winterhalter, M. / Colletier, J.P. #1: Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Understanding Voltage Gating of Providencia Stuartii Porins at Atomic Level. Authors: Song, W. / Bajaj, H. / Nasrallah, C. / Jiang, H. / Winterhalter, M. / Colletier, J. / Xu, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4d65.cif.gz | 938.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4d65.ent.gz | 797.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4d65.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4d65_validation.pdf.gz | 592.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4d65_full_validation.pdf.gz | 658.4 KB | Display | |
Data in XML | 4d65_validation.xml.gz | 120.2 KB | Display | |
Data in CIF | 4d65_validation.cif.gz | 178.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d65 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/4d65 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4d64C 5n9hC 5n9iC 5nxnC 5nxrC 5nxuC 4bd5 4d5x C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 37941.184 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PROVIDENCIA STUARTII (bacteria) / Plasmid: PG_OMP-PST2 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21 / Variant (production host): DELTA-OMP8 / References: UniProt: E3U905 |
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-Non-polymers , 5 types, 3294 molecules
#2: Chemical | ChemComp-LDA / #3: Chemical | ChemComp-FTT / #4: Chemical | ChemComp-MYR / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 70 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 8 / Details: 8% PEG 6000, 0.1 M TRIS PH 8, 1 M LICL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-4 / Wavelength: 0.933 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jun 16, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 279377 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.01 % / Biso Wilson estimate: 35.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.43 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 2.57 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 73.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: MODELLER-MODEL OF OMP-PST2 BASED ON PDB ENTRY 4BD5 4bd5 Resolution: 2.2→45.718 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / Phase error: 22.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODELLING | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→45.718 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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