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Yorodumi- PDB-1oqb: The Crystal Structure of the one-iron form of the di-iron center ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1oqb | ||||||
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Title | The Crystal Structure of the one-iron form of the di-iron center in Stearoyl Acyl Carrier Protein Desaturase from Ricinus Communis (Castor Bean). | ||||||
Components | Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / di-iron enzyme / four-helix bundle / fatty acid biosynthesis / electron transfer | ||||||
Function / homology | Function and homology information stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase / : / stearoyl-[ACP] desaturase activity / stearoyl-CoA 9-desaturase activity / chloroplast stroma / fatty acid biosynthetic process / defense response / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ricinus communis (castor bean) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A.K. / Lindqvist, Y. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2003 Title: Azide and Acetate Complexes plus two iron-depleted Crystal Structures of the Di-iron Enzyme delta9 Stearoyl-ACP Desaturase-Implications for Oxygen Activation and Catalytic Intermediates Authors: Moche, M. / Shanklin, J. / Ghoshal, A. / Lindqvist, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1oqb.cif.gz | 403.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1oqb.ent.gz | 331.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1oqb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1oqb_validation.pdf.gz | 436.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1oqb_full_validation.pdf.gz | 478.5 KB | Display | |
Data in XML | 1oqb_validation.xml.gz | 41.8 KB | Display | |
Data in CIF | 1oqb_validation.cif.gz | 61.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/1oqb | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: FE2 / End label comp-ID: FE2 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 18 - 364 / Label seq-ID: 18
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Details | The enzyme is dimeric and the unit cell contains three of these dimers giving six protein chains |
-Components
#1: Protein | Mass: 41703.312 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ricinus communis (castor bean) / Plasmid: pET9d / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 gold References: UniProt: P22337, stearoyl-[acyl-carrier-protein] 9-desaturase #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4 Details: 8-12% Peg8000, 50mM Potassium Dihydrogen Phosphate and 20% Glycerol as cryoprotectant, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I711 / Wavelength: 0.8423 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 29, 2000 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8423 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→20 Å / Num. all: 57328 / Num. obs: 45472 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 12.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Rsym value: 0.252 / % possible all: 32 |
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.058 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 32 % / Rmerge(I) obs: 0.252 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 20.931 / SU ML: 0.384 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.465 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.124 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 2807 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 2.8 Å / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Highest resolution: 2.8 Å / Lowest resolution: 2.85 Å |