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Yorodumi- PDB-5t79: X-Ray Crystal Structure of a Novel Aldo-keto Reductases for the B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t79 | ||||||
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Title | X-Ray Crystal Structure of a Novel Aldo-keto Reductases for the Biocatalytic Conversion of 3-hydroxybutanal to 1,3-butanediol | ||||||
Components | Aldo-keto Reductase, OXIDOREDUCTASE | ||||||
Keywords | TRANSLATION / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NADP-dependent oxidoreductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information methylglyoxal catabolic process / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella typhimurium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.86 Å | ||||||
Authors | Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: Appl. Environ. Microbiol. / Year: 2017 Title: Structural and biochemical studies of novel aldo-keto reductases for the biocatalytic conversion of 3-hydroxybutanal to 1,3-butanediol. Authors: Kim, T. / Flick, R. / Brunzelle, J. / Singer, A. / Evdokimova, E. / Brown, G. / Joo, J.C. / Minasov, G.A. / Anderson, W.F. / Mahadevan, R. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5t79.cif.gz | 156.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5t79.ent.gz | 122.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5t79.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5t79_validation.pdf.gz | 775.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5t79_full_validation.pdf.gz | 776 KB | Display | |
Data in XML | 5t79_validation.xml.gz | 18.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5t79_validation.cif.gz | 29.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/5t79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/5t79 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3erpSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 37430.539 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (bacteria) Strain: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / Gene: STM2406 / Plasmid: P15TVLIC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / References: UniProt: Q8ZNA1 | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Chemical | ChemComp-NDP / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 1.5M NH4Sulfate, 12% Sucrose, 0.1M HEPES pH7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 0.97917 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 17, 2012 / Details: Mirrors |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97917 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→30 Å / Num. obs: 35207 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 21.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 25.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ERP Resolution: 1.86→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.108
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Displacement parameters | Biso mean: 25.49 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.86→29.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.86→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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