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- PDB-5vku: An atomic structure of the human cytomegalovirus (HCMV) capsid wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5vku
タイトルAn atomic structure of the human cytomegalovirus (HCMV) capsid with its securing layer of pp150 tegument protein
要素
  • Major capsid protein
  • Small capsomere-interacting protein
  • Tegument protein pp150
  • Triplex capsid protein 1
  • Triplex capsid protein 2
キーワードVIRUS (ウイルス) / icosahedral (二十面体) / capsid (カプシド) / tegument / Herpesvirus (ヘルペスウイルス科)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell viral assembly compartment / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / host cell cytoplasmic vesicle / viral process / カプシド / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL11/UL32 / Small capsid protein, Herpesviridae / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Small capsid protein of Herpesviridae / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Large structural phosphoprotein / Triplex capsid protein 2 / Major capsid protein / Triplex capsid protein 1 / Small capsomere-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yu, X. / Jih, J. / Jiang, J. / Zhou, H.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Atomic structure of the human cytomegalovirus capsid with its securing tegument layer of pp150.
著者: Xuekui Yu / Jonathan Jih / Jiansen Jiang / Z Hong Zhou /
要旨: Herpesviruses possess a genome-pressurized capsid. The 235-kilobase genome of human cytomegalovirus (HCMV) is by far the largest of any herpesvirus, yet it has been unclear how its capsid, which is ...Herpesviruses possess a genome-pressurized capsid. The 235-kilobase genome of human cytomegalovirus (HCMV) is by far the largest of any herpesvirus, yet it has been unclear how its capsid, which is similar in size to those of other herpesviruses, is stabilized. Here we report a HCMV atomic structure consisting of the herpesvirus-conserved capsid proteins MCP, Tri1, Tri2, and SCP and the HCMV-specific tegument protein pp150-totaling ~4000 molecules and 62 different conformers. MCPs manifest as a complex of insertions around a bacteriophage HK97 gp5-like domain, which gives rise to three classes of capsid floor-defining interactions; triplexes, composed of two "embracing" Tri2 conformers and a "third-wheeling" Tri1, fasten the capsid floor. HCMV-specific strategies include using hexon channels to accommodate the genome and pp150 helix bundles to secure the capsid via cysteine tetrad-to-SCP interactions. Our structure should inform rational design of countermeasures against HCMV, other herpesviruses, and even HIV/AIDS.
履歴
登録2017年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_image_scans / pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: em_entity_assembly / pdbx_audit_support
Item: _em_entity_assembly.entity_id_list / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
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  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8703
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  • マップデータ: EMDB-8703
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
0: Tegument protein pp150
1: Tegument protein pp150
2: Tegument protein pp150
3: Tegument protein pp150
4: Tegument protein pp150
5: Tegument protein pp150
6: Tegument protein pp150
7: Tegument protein pp150
8: Tegument protein pp150
9: Tegument protein pp150
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Small capsomere-interacting protein
T: Small capsomere-interacting protein
U: Small capsomere-interacting protein
V: Small capsomere-interacting protein
W: Small capsomere-interacting protein
X: Small capsomere-interacting protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Z: Small capsomere-interacting protein
a: Small capsomere-interacting protein
b: Small capsomere-interacting protein
c: Small capsomere-interacting protein
d: Small capsomere-interacting protein
e: Small capsomere-interacting protein
f: Small capsomere-interacting protein
g: Triplex capsid protein 1
h: Triplex capsid protein 2
i: Triplex capsid protein 2
j: Triplex capsid protein 1
k: Triplex capsid protein 2
l: Triplex capsid protein 2
m: Triplex capsid protein 1
n: Triplex capsid protein 2
o: Triplex capsid protein 2
p: Triplex capsid protein 1
q: Triplex capsid protein 2
r: Triplex capsid protein 2
s: Triplex capsid protein 1
t: Triplex capsid protein 2
u: Triplex capsid protein 2
v: Tegument protein pp150
w: Tegument protein pp150
x: Tegument protein pp150
y: Tegument protein pp150
z: Tegument protein pp150


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,610,91762
ポリマ－3,610,91762
非ポリマー00
水0
1
0: Tegument protein pp150
1: Tegument protein pp150
2: Tegument protein pp150
3: Tegument protein pp150
4: Tegument protein pp150
5: Tegument protein pp150
6: Tegument protein pp150
7: Tegument protein pp150
8: Tegument protein pp150
9: Tegument protein pp150
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Small capsomere-interacting protein
T: Small capsomere-interacting protein
U: Small capsomere-interacting protein
V: Small capsomere-interacting protein
W: Small capsomere-interacting protein
X: Small capsomere-interacting protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Z: Small capsomere-interacting protein
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f: Small capsomere-interacting protein
g: Triplex capsid protein 1
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v: Tegument protein pp150
w: Tegument protein pp150
x: Tegument protein pp150
y: Tegument protein pp150
z: Tegument protein pp150
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,655,0443720
ポリマ－216,655,0443720
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
0: Tegument protein pp150
1: Tegument protein pp150
2: Tegument protein pp150
3: Tegument protein pp150
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5: Tegument protein pp150
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8: Tegument protein pp150
9: Tegument protein pp150
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
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D: Major capsid protein
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I: Major capsid protein
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P: Major capsid protein
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R: Small capsomere-interacting protein
S: Small capsomere-interacting protein
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X: Small capsomere-interacting protein
Y: Small capsomere-interacting protein
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c: Small capsomere-interacting protein
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f: Small capsomere-interacting protein
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i: Triplex capsid protein 2
j: Triplex capsid protein 1
k: Triplex capsid protein 2
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m: Triplex capsid protein 1
n: Triplex capsid protein 2
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v: Tegument protein pp150
w: Tegument protein pp150
x: Tegument protein pp150
y: Tegument protein pp150
z: Tegument protein pp150
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 18.1 MDa, 310 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,054,587310
ポリマ－18,054,587310
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
0: Tegument protein pp150
1: Tegument protein pp150
2: Tegument protein pp150
3: Tegument protein pp150
4: Tegument protein pp150
5: Tegument protein pp150
6: Tegument protein pp150
7: Tegument protein pp150
8: Tegument protein pp150
9: Tegument protein pp150
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Small capsomere-interacting protein
R: Small capsomere-interacting protein
S: Small capsomere-interacting protein
T: Small capsomere-interacting protein
U: Small capsomere-interacting protein
V: Small capsomere-interacting protein
W: Small capsomere-interacting protein
X: Small capsomere-interacting protein
Y: Small capsomere-interacting protein
Z: Small capsomere-interacting protein
a: Small capsomere-interacting protein
b: Small capsomere-interacting protein
c: Small capsomere-interacting protein
d: Small capsomere-interacting protein
e: Small capsomere-interacting protein
f: Small capsomere-interacting protein
g: Triplex capsid protein 1
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i: Triplex capsid protein 2
j: Triplex capsid protein 1
k: Triplex capsid protein 2
l: Triplex capsid protein 2
m: Triplex capsid protein 1
n: Triplex capsid protein 2
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p: Triplex capsid protein 1
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s: Triplex capsid protein 1
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w: Tegument protein pp150
x: Tegument protein pp150
y: Tegument protein pp150
z: Tegument protein pp150
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 21.7 MDa, 372 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,665,504372
ポリマ－21,665,504372
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
Tegument protein pp150 / 150 kDa matrix phosphoprotein / 150 kDa phosphoprotein / pp150 / Basic phosphoprotein / BPP / ...150 kDa matrix phosphoprotein / 150 kDa phosphoprotein / pp150 / Basic phosphoprotein / BPP / Phosphoprotein UL32 / Tegument protein UL32


分子量: 33232.418 Da / 分子数: 15 / 断片: UNP residues 1-285 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 参照: UniProt: P08318
#2: タンパク質
Major capsid protein / MCP


分子量: 154048.906 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 参照: UniProt: P16729
#3: タンパク質
Small capsomere-interacting protein / Smallest capsid protein / SCP


分子量: 8495.924 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 参照: UniProt: Q7M6N6
#4: タンパク質
Triplex capsid protein 1 / Triplex monomer protein / Tri1


分子量: 33071.270 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 参照: UniProt: P16783
#5: タンパク質
Triplex capsid protein 2 / Triplex dimer protein / Tri2


分子量: 34635.750 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 参照: UniProt: P16728

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Human herpesvirus 5 strain AD169 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
ウイルス殻直径: 1320 nm / 三角数 (T数): 16
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 2.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39600 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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