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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4156 | |||||||||
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タイトル | Mechanism of microtubule minus-end recognition and protection by CAMSAP proteins | |||||||||
マップデータ | CAMSAP1-CKK DECORATED 13pf MICROTUBULES | |||||||||
試料 |
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キーワード | CAMSAP / CKK / Microtubule / Tubulin / motor protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases activate IQGAPs / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / microtubule minus-end binding / RHO GTPases Activate Formins / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Aggrephagy / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / regulation of cell morphogenesis / positive regulation of axon guidance / microtubule organizing center / spectrin binding / regulation of microtubule polymerization / microtubule-based process / cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / microtubule binding / microtubule / calmodulin binding / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Akhmanova A / Moores CA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: A structural model for microtubule minus-end recognition and protection by CAMSAP proteins. 著者: Joseph Atherton / Kai Jiang / Marcel M Stangier / Yanzhang Luo / Shasha Hua / Klaartje Houben / Jolien J E van Hooff / Agnel-Praveen Joseph / Guido Scarabelli / Barry J Grant / Anthony J ...著者: Joseph Atherton / Kai Jiang / Marcel M Stangier / Yanzhang Luo / Shasha Hua / Klaartje Houben / Jolien J E van Hooff / Agnel-Praveen Joseph / Guido Scarabelli / Barry J Grant / Anthony J Roberts / Maya Topf / Michel O Steinmetz / Marc Baldus / Carolyn A Moores / Anna Akhmanova / 要旨: CAMSAP and Patronin family members regulate microtubule minus-end stability and localization and thus organize noncentrosomal microtubule networks, which are essential for cell division, polarization ...CAMSAP and Patronin family members regulate microtubule minus-end stability and localization and thus organize noncentrosomal microtubule networks, which are essential for cell division, polarization and differentiation. Here, we found that the CAMSAP C-terminal CKK domain is widely present among eukaryotes and autonomously recognizes microtubule minus ends. Through a combination of structural approaches, we uncovered how mammalian CKK binds between two tubulin dimers at the interprotofilament interface on the outer microtubule surface. In vitro reconstitution assays combined with high-resolution fluorescence microscopy and cryo-electron tomography suggested that CKK preferentially associates with the transition zone between curved protofilaments and the regular microtubule lattice. We propose that minus-end-specific features of the interprotofilament interface at this site serve as the basis for CKK's minus-end preference. The steric clash between microtubule-bound CKK and kinesin motors explains how CKK protects microtubule minus ends against kinesin-13-induced depolymerization and thus controls the stability of free microtubule minus ends. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4156.map.gz | 555.3 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4156-v30.xml emd-4156.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4156.png | 239.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4156.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4156 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4156_validation.pdf.gz | 211 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4156_full_validation.pdf.gz | 210.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4156_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4156 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4156 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4156.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CAMSAP1-CKK DECORATED 13pf MICROTUBULES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.543 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP1-CKK domain
+超分子 #1: Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP1-CKK domain
+超分子 #2: Tubulin
+超分子 #3: CAMSAP1-CKK domain
+分子 #1: Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 1
+分子 #2: Tubulin alpha chain
+分子 #3: Tubulin beta-2B chain
+分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #5: MAGNESIUM ION
+分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #7: TAXOL
+分子 #8: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: BRB80 |
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グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
詳細 | 13pf Microtubules |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 / 詳細: 20e-/A2 used in final reconstuctions |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Kinesin decorated microtubule |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF 詳細: Gold-standard noise substitution test used to assess for over fitting (Chen et al., 2013) 使用した粒子像数: 5954 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 詳細: Projection matching in Fourier space |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-5m54: |