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- EMDB-2433: Amyloid-beta nanotube -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2433
タイトルAmyloid-beta nanotube
マップデータReconstruction of an amyloid-beta nanotube
試料
  • 試料: Amyloid-Beta (1-42) nanotube
  • タンパク質・ペプチド: Amyloid-beta (1-42)
キーワードnanotube (ナノチューブ) / neurodegeneration (神経変性疾患) / prion-dependent synaptotoxicity
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法
データ登録者Nicoll AJ / Panico S / Freir DB / Wright D / Terry C / Risse E / Herron CE / O'Malley T / Wadsworth JD / Farrow MA ...Nicoll AJ / Panico S / Freir DB / Wright D / Terry C / Risse E / Herron CE / O'Malley T / Wadsworth JD / Farrow MA / Walsh DM / Saibil HR / Collinge J
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2013
タイトル: Amyloid-β nanotubes are associated with prion protein-dependent synaptotoxicity.
著者: Andrew J Nicoll / Silvia Panico / Darragh B Freir / Daniel Wright / Cassandra Terry / Emmanuel Risse / Caroline E Herron / Tiernan O'Malley / Jonathan D F Wadsworth / Mark A Farrow / Dominic ...著者: Andrew J Nicoll / Silvia Panico / Darragh B Freir / Daniel Wright / Cassandra Terry / Emmanuel Risse / Caroline E Herron / Tiernan O'Malley / Jonathan D F Wadsworth / Mark A Farrow / Dominic M Walsh / Helen R Saibil / John Collinge /
要旨: Growing evidence suggests water-soluble, non-fibrillar forms of amyloid-β protein (Aβ) have important roles in Alzheimer's disease with toxicities mimicked by synthetic Aβ(1-42). However, no ...Growing evidence suggests water-soluble, non-fibrillar forms of amyloid-β protein (Aβ) have important roles in Alzheimer's disease with toxicities mimicked by synthetic Aβ(1-42). However, no defined toxic structures acting via specific receptors have been identified and roles of proposed receptors, such as prion protein (PrP), remain controversial. Here we quantify binding to PrP of Aβ(1-42) after different durations of aggregation. We show PrP-binding and PrP-dependent inhibition of long-term potentiation (LTP) correlate with the presence of protofibrils. Globular oligomers bind less avidly to PrP and do not inhibit LTP, whereas fibrils inhibit LTP in a PrP-independent manner. That only certain transient Aβ assemblies cause PrP-dependent toxicity explains conflicting reports regarding the involvement of PrP in Aβ-induced impairments. We show that these protofibrils contain a defined nanotubular structure with a previously unidentified triple helical conformation. Blocking the formation of Aβ nanotubes or their interaction with PrP might have a role in treatment of Alzheimer's disease.
履歴
登録2013年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月7日-
マップ公開2013年9月18日-
更新2013年9月25日-
現状2013年9月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 459 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of an amyloid-beta nanotube
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.26 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.01752149 - 0.05421662
平均 (標準偏差)0.00494013 (±0.01042412)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ494950
Spacing494950
セルA: 159.74 Å / B: 159.74 Å / C: 163.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.263.263.26
M x/y/z494950
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z159.740159.740163.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS494950
D min/max/mean-0.0180.0540.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Amyloid-Beta (1-42) nanotube

全体名称: Amyloid-Beta (1-42) nanotube
要素
  • 試料: Amyloid-Beta (1-42) nanotube
  • タンパク質・ペプチド: Amyloid-beta (1-42)

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超分子 #1000: Amyloid-Beta (1-42) nanotube

超分子名称: Amyloid-Beta (1-42) nanotube / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Protofibrils were prepared from synthetic Amyloid-Beta (1-42) peptide. Briefly hexafluoro-2-propanol-trated Amyloid-beta (1-42) was dissolved in DMSO, diluted into phenol red-free Hams-F12 ...詳細: Protofibrils were prepared from synthetic Amyloid-Beta (1-42) peptide. Briefly hexafluoro-2-propanol-trated Amyloid-beta (1-42) was dissolved in DMSO, diluted into phenol red-free Hams-F12 medium, centrifuged and incubated at 22 C for 16 hours. Size of protofibrils ranged from 0.1 to 1 megadaltons
集合状態: protofibrils / Number unique components: 1
分子量実験値: 500 KDa
手法: size-exclusion chromatography with static light scattering

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分子 #1: Amyloid-beta (1-42)

分子名称: Amyloid-beta (1-42) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液詳細: phenol red-free Ham's F12 cell medium (2% DMSO)
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein were stained with 2% w/v uranyl acetate for 1 minute
グリッド詳細: Negatively glow discharged 300 mesh copper grid with continuous carbon layer
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系倍率(補正後): 42986 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
アライメント法Legacy - 非点収差: corrected for at specimen level
日付2011年1月10日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 50 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: phase flipping, whole micrograph
最終 2次元分類クラス数: 6
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.26 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 15 °
アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider
詳細: Maps were calculated from individual classes. Final volume is the average of six maps (maps averaged in CHIMERA). Helical pitch repeat was obtained from tomography data. Since the subunit ...詳細: Maps were calculated from individual classes. Final volume is the average of six maps (maps averaged in CHIMERA). Helical pitch repeat was obtained from tomography data. Since the subunit repeat could not be determined, continuous helices were generated.
使用した粒子像数: 155
詳細Three-dimensional reconstructions were calculated from extracted, aligned and classified segments and applying helical symmetry, using the pitch independently determined from tomography and single pixel increments in z to generate continuous helices.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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