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- PDB-8aas: Crystal structure of the Pyrococcus abyssi RPA trimerization core... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aas
タイトルCrystal structure of the Pyrococcus abyssi RPA trimerization core bound to poly-dT20 ssDNA
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
  • RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
  • Replication factor A
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Replication protein A (DNA複製) / ssDNA-Binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule metabolic process / intracellular organelle / primary metabolic process / : / nucleic acid binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Replication factor A protein-like / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Replication factor A / RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination / RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Madru, C. / Legrand, P. / Sauguet, L.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-JCJC-1501 ARCHPOL フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE11-0003 ARCHAPRIM フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: DNA-binding mechanism and evolution of replication protein A.
著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke ...著者: Clément Madru / Markel Martínez-Carranza / Sébastien Laurent / Alessandra C Alberti / Maelenn Chevreuil / Bertrand Raynal / Ahmed Haouz / Rémy A Le Meur / Marc Delarue / Ghislaine Henneke / Didier Flament / Mart Krupovic / Pierre Legrand / Ludovic Sauguet /
要旨: Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in ...Replication Protein A (RPA) is a heterotrimeric single stranded DNA-binding protein with essential roles in DNA replication, recombination and repair. Little is known about the structure of RPA in Archaea, the third domain of life. By using an integrative structural, biochemical and biophysical approach, we extensively characterize RPA from Pyrococcus abyssi in the presence and absence of DNA. The obtained X-ray and cryo-EM structures reveal that the trimerization core and interactions promoting RPA clustering on ssDNA are shared between archaea and eukaryotes. However, we also identified a helical domain named AROD (Acidic Rpa1 OB-binding Domain), and showed that, in Archaea, RPA forms an unanticipated tetrameric supercomplex in the absence of DNA. The four RPA molecules clustered within the tetramer could efficiently coat and protect stretches of ssDNA created by the advancing replisome. Finally, our results provide insights into the evolution of this primordial replication factor in eukaryotes.
履歴
登録2022年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication factor A
B: RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
C: RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination
F: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,34810
ポリマ－75,0824
非ポリマー2666
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9240 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.234, 75.234, 215.487
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Replication factor A


分子量: 33756.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB2163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8ZHS0
#2: タンパク質 RPA32 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination


分子量: 21277.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Insertion of SER after first M from reference sequence NCBI Reference Sequence: WP_048146526.1 to improve expression
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V1Z1
#3: タンパク質 RPA14 subunit of the hetero-oligomeric complex involved in homologous recombination


分子量: 14008.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) / 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB2164 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V1Z0

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DNA鎖 , 1種, 1分子 F

#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 6038.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% w/v PEG 8K 0.1M imidazole pH 8 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.978565 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→48.26 Å / Num. obs: 10041 / % possible obs: 80.7 % / 冗長度: 27.2 % / Biso Wilson estimate: 163.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / 冗長度: 26.8 % / Rmerge(I) obs: 4.189 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 204 / CC1/2: 0.454 / Rpim(I) all: 0.816 / Rrim(I) all: 4.27 / % possible all: 21.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
XDSVERSION Feb 5, 2021データ削減
STARANISO2.3.77データスケーリング
MOLREP11.7.03位相決定
MxCuBE2.1データ収集
Coot0.9.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Working model of the full apo-RPA

解像度: 3.2→48.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.634
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2933 494 -RANDOM
Rwork0.2641 ---
obs0.2655 10041 81.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 173.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.688 Å20 Å20 Å2
2--1.688 Å20 Å2
3----3.3761 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3771 280 6 0 4057
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084135HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.855620HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1503SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes658HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4135HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion538SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle6HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2765SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.91
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.35 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4203 29 -
Rwork0.3586 --
obs0.3621 419 26.53 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5322-0.5018-0.41013.4984-1.40843.37860.2194-0.5789-0.5516-0.57890.0193-0.133-0.5516-0.133-0.23870.21150.22890.2076-0.2115-0.0556-0.2115-17.78698.5961-12.0859
27.62211.3032.0616-0.60382.258.3155-0.0798-0.1827-0.058-0.18270.1435-0.3144-0.058-0.3144-0.06370.14170.129-0.17040.34370.0771-0.304-36.50293.7573-37.5422
31.9616-0.758-3.97579.55811.06538.3155-0.2478-0.27750.3017-0.2775-0.20270.51380.30170.51380.45050.27120.18970.2056-0.2548-0.0522-0.1596-8.797118.7354-26.3414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* C|* B|1 - B|148 }A186 - 358
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* C|* B|1 - B|148 }A500
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|* C|* B|1 - B|148 }B3 - 148
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|* C|* B|1 - B|148 }C5 - 117
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|149 - B|187 }B149 - 180
6X-RAY DIFFRACTION3{ F|* }F1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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