ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 XDSデータ削減 XSCALEデータスケーリング PHASER位相決定 BUSTER2.10.4 (20-OCT-2021) 精密化 Cootモデル構築
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 7ZU8解像度 : 1.8→23.16 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.948 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.928 / SU R Cruickshank DPI : 0.126 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / SU R Blow DPI : 0.135 / SU Rfree Blow DPI : 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI : 0.12 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2178 635 1.97 % RANDOM Rwork 0.1817 - - - obs 0.1824 32301 99.3 % -
原子変位パラメータ Biso max : 82.44 Å2 / Biso mean : 35.76 Å2 / Biso min : 19.23 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 7.8852 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 1.7795 Å2 0 Å2 3- - - -9.6647 Å2
Refine analyze Luzzati coordinate error obs : 0.23 Å精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.8→23.16 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2608 0 118 278 3004 Biso mean - - 58.97 47.75 - 残基数 - - - - 335
拘束条件 大きな表を表示 (6 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ 数 Restraint function Weight Dev ideal X-RAY DIFFRACTION t_dihedral_angle_d1203 SINUSOIDAL2 X-RAY DIFFRACTION t_trig_c_planesX-RAY DIFFRACTION t_gen_planes482 HARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_it2757 HARMONIC10 X-RAY DIFFRACTION t_nbdX-RAY DIFFRACTION t_improper_torsionX-RAY DIFFRACTION t_pseud_angleX-RAY DIFFRACTION t_chiral_improper_torsion365 SEMIHARMONIC5 X-RAY DIFFRACTION t_sum_occupancies3 HARMONIC1 X-RAY DIFFRACTION t_utility_distanceX-RAY DIFFRACTION t_utility_angleX-RAY DIFFRACTION t_utility_torsionX-RAY DIFFRACTION t_ideal_dist_contact2652 SEMIHARMONIC4 X-RAY DIFFRACTION t_bond_d2813 HARMONIC2 0.008 X-RAY DIFFRACTION t_angle_deg3834 HARMONIC2 0.99 X-RAY DIFFRACTION t_omega_torsion4.54 X-RAY DIFFRACTION t_other_torsion2.62
LS精密化 シェル 解像度 : 1.8→1.82 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 32 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.6657 18 1.73 % Rwork 0.3369 1024 - all 0.3423 1042 - obs - - 88.33 %
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 28.1314 Å / Origin y : 12.7223 Å / Origin z : 43.3187 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T -0.0444 Å2 0.0049 Å2 0.0043 Å2 - -0.0249 Å2 -0.001 Å2 - - -0.0174 Å2 L 1.0827 °2 -0.0754 °2 0.0493 °2 - 0.9159 °2 -0.1033 °2 - - 0.2994 °2 S 0.0074 Å ° -0.0016 Å ° -0.077 Å ° 0.0096 Å ° 0.0001 Å ° 0.0908 Å ° -0.039 Å ° -0.0147 Å ° -0.0075 Å °
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 {A|29 - 382 } A29 - 380 2 X-RAY DIFFRACTION 1 {A|401 - 402 } A401 - 402 3 X-RAY DIFFRACTION 1 {B|1 - 2 } B1 - 2 4 X-RAY DIFFRACTION 1 {C|1 - 2 } C1 - 2