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万見
- PDB-7zkp: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zkp
タイトルLate assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84
要素
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 4
  • CIA30 domain-containing protein
  • NADH dehydrogenase subunit 2NADHデヒドロゲナーゼ
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein
  • Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
  • assembly factor CIA84
  • subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / assembly respiratory chain membrane protein mitochondria
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / ミトコンドリア / ミトコンドリア / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity ...NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / ミトコンドリア / ミトコンドリア / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / ミトコンドリア / 生体膜
類似検索 - 分子機能
NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 / Complex I intermediate-associated protein 30, mitochondrial / Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30) / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit ...NADH:ubiquinone oxidoreductase intermediate-associated protein 30 / Complex I intermediate-associated protein 30, mitochondrial / Complex I intermediate-associated protein 30 (CIA30) / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, C-terminal, fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.5kDa subunit / C-terminal of NADH-ubiquinone oxidoreductase 21 kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADHデヒドロゲナーゼ / CHCH / CHCH domain / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / Chem-CPL / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / ホスファチジルイノシトール / Complex I intermediate-associated protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / CIA30 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / CARDIOLIPIN / Chem-CPL / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / ホスファチジルイノシトール / Complex I intermediate-associated protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / CIA30 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH-ubiquinone oxidoreductase / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
類似検索 - 構成要素
生物種Yarrowia lipolytica (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schiller, J. / Laube, E. / Vonck, J. / Zickermann, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)ZI 552/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Insights into complex I assembly: Function of NDUFAF1 and a link with cardiolipin remodeling.
著者: Jonathan Schiller / Eike Laube / Ilka Wittig / Werner Kühlbrandt / Janet Vonck / Volker Zickermann /
要旨: Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly ...Respiratory complex I is a ~1-MDa proton pump in mitochondria. Its structure has been revealed in great detail, but the structural basis of its assembly, in humans involving at least 15 assembly factors, is essentially unknown. We determined cryo-electron microscopy structures of assembly intermediates associated with assembly factor NDUFAF1 in a yeast model system. Subunits ND2 and NDUFC2 together with assembly factors NDUFAF1 and CIA84 form the nucleation point of the NDUFAF1-dependent assembly pathway. Unexpectedly, the cardiolipin remodeling enzyme tafazzin is an integral component of this core complex. In a later intermediate, all 12 subunits of the proximal proton pump module have assembled. NDUFAF1 locks the central ND3 subunit in an assembly-competent conformation, and major rearrangements of central subunits are required for complex I maturation.
履歴
登録2022年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
U: Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
W: Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
X: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein
1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
2: NADH dehydrogenase subunit 2
3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
g: subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
b: Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
9: Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)
C: assembly factor CIA84
A: CIA30 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,53620
ポリマ－355,59214
非ポリマー5,9446
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area78980 Å2
ΔGint-636 kcal/mol
Surface area93420 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 10種, 10分子 DUWX2gb9CA

#1: タンパク質 Subunit NIMM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 9806.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NC63
#3: タンパク質 Subunit NUPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 19355.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A371C2D0
#4: タンパク質 Subunit NB6M of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 14112.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1H6PPE5
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit-domain-containing protein


分子量: 18588.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NKB4
#7: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 2 / NADHデヒドロゲナーゼ


分子量: 53381.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U4R9, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#10: タンパク質 subunit NI9M of protein NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8992.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NJR0
#11: タンパク質 Subunit NEBM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 8059.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NGI5
#12: タンパク質 Subunit NIPM of NADH:Ubiquinone Oxidoreductase (Complex I)


分子量: 10035.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8NNZ0
#13: タンパク質 assembly factor CIA84


分子量: 97098.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母) / 参照: UniProt: A0A1D8N612
#14: タンパク質 CIA30 domain-containing protein


分子量: 32629.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NDUFAF1 has a C-terminal strep tag / 由来: (組換発現) Yarrowia lipolytica (酵母) / 遺伝子: YALI1_D17795g / 発現宿主: Yarrowia lipolytica (酵母) / Variant (発現宿主): deletion of NDUFAF1 / 参照: UniProt: A0A1D8NEL0

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NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 4種, 4分子 L136

#2: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L


分子量: 9843.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U4U1, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#6: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 38389.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U3V2, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 14506.339 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5TMS4, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)
#9: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6


分子量: 20793.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Yarrowia lipolytica (酵母)
参照: UniProt: S5U3X7, NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)

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非ポリマー , 5種, 6分子

#15: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-CPL / 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITOYL-LINOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE / ホスファチジルコリン


分子量: 758.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 748.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物 ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol / ホスファチジルイノシトール


分子量: 887.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Late assembly intermediate of the proximal proton pumping module of complex I with assembly factors NDUFAF1 and CIA84
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Yarrowia lipolytica (酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample was a mixture of assembly intermediates associated with the assembly factor NDUFAF1
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 276 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6229

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2048808
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18279 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7O71

7o71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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