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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7txa | |||||||||
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タイトル | Structure of the Class II Fructose-1,6-Bisphophatase from Francisella tularensis complexed with native metal cofactor Mn++ and product F6P | |||||||||
要素 | Fructose-1,6-bisphosphataseフルクトース-1,6-ビスホスファターゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/PRODUCT / class II FBPases / fructose-1 (フルクトース) / 6-bisphosphatase / Francisella tularensis / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / gluconeogenesis (糖新生) / antibiotic targets / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-PRODUCT complex | |||||||||
機能・相同性 | Fructose-1,6-bisphosphatase class 2/Sedoheputulose-1,7-bisphosphatase / Bacterial fructose-1,6-bisphosphatase, glpX-encoded / glycerol metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / 糖新生 / metal ion binding / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / : / フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Francisella tularensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Abad-Zapatero, C. / Selezneva, A.I. | |||||||||
資金援助 | 2件
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2023 タイトル: New structures of Class II Fructose-1,6-Bisphosphatase from Francisella tularensis provide a framework for a novel catalytic mechanism for the entire class. 著者: Selezneva, A.I. / Harding, L.N.M. / Gutka, H.J. / Movahedzadeh, F. / Abad-Zapatero, C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7txa.cif.gz | 607.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7txa.ent.gz | 402.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7txa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37028.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア) 遺伝子: glpX, EGT35_01410, FNC33_05530, FNC42_07040 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2ZJY0 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 糖 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→39.1 Å / Num. obs: 101338 / % possible obs: 98.38 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 42.17 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.075 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 17.55 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.48 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 9973 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.32 / Rrim(I) all: 0.55 / Rsym value: 0.39 / Χ2: 0.75 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7js3 解像度: 2.4→39.1 Å / SU ML: 0.3292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.3821 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.87 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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