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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tfa | ||||||||||||
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タイトル | P. polymyxa GS(12)-Q-GlnR peptide | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / LIGASE (リガーゼ) / glutamine synthetase repressor dodecamer | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 グルタミンシンテターゼ / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Paenibacillus polymyxa (パエニバシラス・ポリミキサ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.07 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Travis, B.A. / Peck, J. / Schumacher, M.A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular dissection of the glutamine synthetase-GlnR nitrogen regulatory circuitry in Gram-positive bacteria. 著者: Brady A Travis / Jared V Peck / Raul Salinas / Brandon Dopkins / Nicholas Lent / Viet D Nguyen / Mario J Borgnia / Richard G Brennan / Maria A Schumacher / 要旨: How bacteria sense and respond to nitrogen levels are central questions in microbial physiology. In Gram-positive bacteria, nitrogen homeostasis is controlled by an operon encoding glutamine ...How bacteria sense and respond to nitrogen levels are central questions in microbial physiology. In Gram-positive bacteria, nitrogen homeostasis is controlled by an operon encoding glutamine synthetase (GS), a dodecameric machine that assimilates ammonium into glutamine, and the GlnR repressor. GlnR detects nitrogen excess indirectly by binding glutamine-feedback-inhibited-GS (FBI-GS), which activates its transcription-repression function. The molecular mechanisms behind this regulatory circuitry, however, are unknown. Here we describe biochemical and structural analyses of GS and FBI-GS-GlnR complexes from pathogenic and non-pathogenic Gram-positive bacteria. The structures show FBI-GS binds the GlnR C-terminal domain within its active-site cavity, juxtaposing two GlnR monomers to form a DNA-binding-competent GlnR dimer. The FBI-GS-GlnR interaction stabilizes the inactive GS conformation. Strikingly, this interaction also favors a remarkable dodecamer to tetradecamer transition in some GS, breaking the paradigm that all bacterial GS are dodecamers. These data thus unveil unique structural mechanisms of transcription and enzymatic regulation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tfa.cif.gz | 917.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tfa.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7tfa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/7tfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/7tfa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 25867MC 7tdpC 7tdvC 7teaC 7tecC 7tenC 7tf6C 7tf7C 7tf9C 7tfbC 7tfcC 7tfdC 7tfeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1210.402 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Paenibacillus polymyxa (パエニバシラス・ポリミキサ) #2: タンパク質 | 分子量: 52510.340 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus polymyxa (パエニバシラス・ポリミキサ) 遺伝子: glnA2, LK13_01575, NCTC10343_02989 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F0G8G2, グルタミンシンテターゼ #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-GLN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dodecameric P. polymyxa GS complex with glutamine and GlnR C-tail peptides タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46.27 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1743527 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.21 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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