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万見
- PDB-7rx9: Structure of autoinhibited P-Rex1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rx9
タイトルStructure of autoinhibited P-Rex1
要素Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein, Endolysin chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / P-Rex1 / P-Rex2 / GEF / cell growth / Rac1 (RAC1) / Cdc42
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of signaling / regulation of dendrite development / 好中球 / regulation of actin filament polymerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / superoxide metabolic process / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle ...regulation of signaling / regulation of dendrite development / 好中球 / regulation of actin filament polymerization / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / superoxide metabolic process / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / T cell differentiation / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / viral release from host cell by cytolysis / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / peptidoglycan catabolic process / 好中球 / dendritic shaft / phospholipid binding / G alpha (12/13) signalling events / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / 成長円錐 / host cell cytoplasm / positive regulation of cell migration / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Ellisdon, A.M. / Chang, Y.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1128120 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1146578 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure of the metastatic factor P-Rex1 reveals a two-layered autoinhibitory mechanism.
著者: Yong-Gang Chang / Christopher J Lupton / Charles Bayly-Jones / Alastair C Keen / Laura D'Andrea / Christina M Lucato / Joel R Steele / Hari Venugopal / Ralf B Schittenhelm / James C Whisstock ...著者: Yong-Gang Chang / Christopher J Lupton / Charles Bayly-Jones / Alastair C Keen / Laura D'Andrea / Christina M Lucato / Joel R Steele / Hari Venugopal / Ralf B Schittenhelm / James C Whisstock / Michelle L Halls / Andrew M Ellisdon /
要旨: P-Rex (PI(3,4,5)P-dependent Rac exchanger) guanine nucleotide exchange factors potently activate Rho GTPases. P-Rex guanine nucleotide exchange factors are autoinhibited, synergistically activated by ...P-Rex (PI(3,4,5)P-dependent Rac exchanger) guanine nucleotide exchange factors potently activate Rho GTPases. P-Rex guanine nucleotide exchange factors are autoinhibited, synergistically activated by Gβγ and PI(3,4,5)P binding and dysregulated in cancer. Here, we use X-ray crystallography, cryogenic electron microscopy and crosslinking mass spectrometry to determine the structural basis of human P-Rex1 autoinhibition. P-Rex1 has a bipartite structure of N- and C-terminal modules connected by a C-terminal four-helix bundle that binds the N-terminal Pleckstrin homology (PH) domain. In the N-terminal module, the Dbl homology (DH) domain catalytic surface is occluded by the compact arrangement of the DH-PH-DEP1 domains. Structural analysis reveals a remarkable conformational transition to release autoinhibition, requiring a 126° opening of the DH domain hinge helix. The off-axis position of Gβγ and PI(3,4,5)P binding sites further suggests a counter-rotation of the P-Rex1 halves by 90° facilitates PH domain uncoupling from the four-helix bundle, releasing the autoinhibited DH domain to drive Rho GTPase signaling.
履歴
登録2021年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein, Endolysin chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6037
ポリマ－70,0271
非ポリマー5766
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.256, 151.256, 94.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: x,-y,-z+1/2
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z+3/4
#8: -y,-x,-z+1/4

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein, Endolysin chimera / P-Rex1 / PtdIns(3 / 4 / 5)-dependent Rac exchanger 1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / P- ...P-Rex1 / PtdIns(3 / 4 / 5)-dependent Rac exchanger 1 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / P-Rex1 / PtdIns(3 / 4 / 5)-dependent Rac exchanger 1


分子量: 70026.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: PREX1, KIAA1415
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TCU6, UniProt: P00720, リゾチーム
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細T4-Lysozyme is spliced/inserted into the P-Rex1 structure in a loop region to enable ...T4-Lysozyme is spliced/inserted into the P-Rex1 structure in a loop region to enable crystallisation. However, the T4L could not be built into the PDB model as it was too flexible. Density was present but too poor to build/model the T4L.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M (NH4)2SO4, 0.05 MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→47.83 Å / Num. obs: 18039 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 119.41 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.22→3.48 Å / Num. unique obs: 3597 / CC1/2: 0.358

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YON

4yon


解像度: 3.22→47.83 Å / SU ML: 0.4288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.4388
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 902 5.02 %
Rwork0.2361 17056 -
obs0.2375 17958 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 127.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3525 0 30 0 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5444860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0397534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.01971369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.22-3.430.3561560.33342683X-RAY DIFFRACTION96.2
3.43-3.690.32521570.27312827X-RAY DIFFRACTION99.87
3.69-4.060.24791280.23462845X-RAY DIFFRACTION99.6
4.06-4.650.24171510.20242853X-RAY DIFFRACTION99.87
4.65-5.860.24071450.22782904X-RAY DIFFRACTION99.93
5.86-47.830.25931650.23412944X-RAY DIFFRACTION96.67
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.319221748621.45844547389-0.4208351206477.089408693040.8450906177133.873908829180.3171542004620.495716202430.726087944639-0.403349615566-0.286056714240.10575526379-0.531212359294-0.475524296656-0.03303172612410.7664411859970.1181561910540.1730961923210.825416170129-0.02663561537690.69850648586361.402515429917.07601955843.87165416488
23.74416782722-3.62916752933-0.6946778427664.528148100740.9272561320862.039218173770.2271652171540.1433123427340.122978688938-0.138408816579-0.1666210876590.0166229964835-0.05345303141840.0307795370657-0.05507863004260.72765368066-0.04957605551940.0478250081690.810393805277-0.1696128883420.87081588873751.22948600445.5187679516821.8717963149
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 42 through 236 )42 - 2361 - 189
22chain 'A' and (resid 237 through 501 )237 - 501190 - 432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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