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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pck | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF WILD TYPE HUMAN PROCATHEPSIN K | ||||||
要素 | PROTEIN (PROCATHEPSIN K) | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE (THIOL PROTEASE) / PROCATHEPSIN K / CYSTEINE PROTEASES (システインプロテアーゼ) / PROREGION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 カテプシンK / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...カテプシンK / mononuclear cell differentiation / intramembranous ossification / negative regulation of cartilage development / cellular response to zinc ion starvation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / thyroid hormone generation / endolysosome lumen / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / マイトファジー / Collagen degradation / fibronectin binding / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / cysteine-type peptidase activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / bone resorption / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / collagen binding / MHC class II antigen presentation / Degradation of the extracellular matrix / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosomal lumen / response to insulin / response to organic cyclic compound / cellular response to tumor necrosis factor / response to ethanol / リソソーム / 免疫応答 / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular region / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sivaraman, J. / Lalumiere, M. / Menard, R. / Cygler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of wild-type human procathepsin K. 著者: Sivaraman, J. / Lalumiere, M. / Menard, R. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pck.cif.gz | 233 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pck.ent.gz | 187.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pck | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1cjlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35357.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43235, カテプシンK |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 100 MM TRIS-HCL, 5% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 12 MM AMMONIUM SULPHATE AND 9% PEG, pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→8 Å / Num. obs: 21801 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 68 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 121990 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CJL 解像度: 3.2→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 0 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS / Rms dev position: 1.5 Å / Weight position: 300 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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