PDB-7nft: Fujian capbinding domain in complex with Nb8208

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nft

タイトル

Fujian capbinding domain in complex with Nb8208

要素

Nb8208
Polymerase basic protein 2

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Influenza polymerase / cap-binding domain /

nanobody (ナノボディ)

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity /

キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion /

virion component / viral RNA genome replication /

RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.14 Å

データ登録者

Keown, J.R. / Grimes, J.M. / Fodor, E.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies.
著者: Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /

要旨: Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...

履歴

登録	2021年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nft.cif.gz	401.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nft.ent.gz	278.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/7nft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/7nft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	12322C 12323C 12342C 12348C 12361C 12362C 12363C 12364C 12371C 12372C 12373C 12375C 12428C 12429C 12430C 12431C 12433C 12435C 12437C 12440C 12447C 7nfqC 7nfrC 7nhaC 7nhcC 7nhxC 7ni0C 7nikC 7nilC 7nirC 7nisC 7nj3C 7nj4C 7nj5C 7nj7C 7nk1C 7nk2C 7nk4C 7nk6C 7nk8C 7nkaC 7nkcC 7nkiC 7nkrC 6s5vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s8j-d 7br0-d 1ilr-d 1jfu-d 6xwg-d 2zej-d 3gs2-d 1z08-5 2gzb-d 5xnq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase basic protein 2

C: Nb8208

B: Polymerase basic protein 2

D: Nb8208

ヘテロ分子

98.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polymerase basic protein 2

C: Nb8208

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Polymerase basic protein 2

D: Nb8208

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.195, 128.195, 70.266
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6
Space group name Hall	P6
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z #3: y,-x+y,z #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 324 through 482 or resid 501 through 701))
d_2	ens_1	chain "B"
d_1	ens_2	chain "C"
d_2	ens_2	chain "D"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	SER	LYS	A	3 - 161
d_1	2	ens_1	SO4	SO4	B
d_1	3	ens_1	SO4	SO4	C
d_1	4	ens_1	SO4	SO4	D
d_2	1	ens_1	SER	LYS	H	1 - 159
d_2	2	ens_1	SO4	SO4	I
d_2	3	ens_1	SO4	SO4	J
d_2	4	ens_1	SO4	SO4	K
d_1	1	ens_2	GLN	VAL	E	1 - 120
d_1	2	ens_2	SO4	SO4	F
d_1	3	ens_2	SO4	SO4	G
d_2	1	ens_2	GLN	VAL	L	1 - 120
d_2	2	ens_2	SO4	SO4	M
d_2	3	ens_2	SO4	SO4	N

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.667044656877, 0.744951798716, -0.0099117769175), (0.744811857252, -0.667114052521, -0.0146334625485), (-0.0175135099141, 0.00237876402998, -0.999843797026)	52.2781953714, -116.19592844, -4.36363424076
2	given	(0.664736877731, 0.747045235368, 0.00694979837713), (0.747067518386, -0.6647474149, -0.000998676740968), (0.00387380380426, 0.00585582588554, -0.99997535117)	52.2673107476, -116.236368007, -5.0920019229

#1: タンパク質	Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3 分子量: 34249.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/duck/Fujian/13/2002(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6E3N3
#2: 抗体	Nb8208 分子量: 14616.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Influenza A virus (A/duck/Fujian/13/2002(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% w/v PEG3350, 1 M (NH4)2SO4, 0.1M BIS-TRIS propane pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.14→70.27 Å / Num. obs: 10820 / % possible obs: 92.94 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 70.21 Å² / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 9.85
反射シェル	解像度: 3.144→3.256 Å / Num. unique obs: 377 / CC_1/2: 0.595

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S5V

6s5v

解像度: 3.14→70.27 Å / SU ML: 0.4419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.2421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2914	582	5.38 %
R_work	0.2438	10234	-
obs	0.2463	10816	92.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.14→70.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4387	0	50	0	4437

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	4500
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4978	6056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0412	658
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0023	775
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.9045	616

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.681474972315
ens_2	d_2	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.666248394319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.14-3.46	0.3238	125	0.3122	1952	X-RAY DIFFRACTION	71.87
3.46-3.96	0.3319	135	0.2792	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.96-4.99	0.2486	168	0.2277	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.99-70.27	0.3007	154	0.2182	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.07657376334	1.48040980437	-0.356219382427	5.66497496844	-0.568568960093	1.59532511782	0.360398440631	-0.379212131396	-0.735675567719	0.798267194193	-0.214782764213	-0.805327229833	0.155074711092	0.303159173518	-0.0696975018991	0.377652068453	-0.0137177458113	-0.0374073120228	0.627968749462	0.0262614518171	0.543248247712	51.7971584869	-59.6653049142	25.4256663313
2	0.0209159703101	1.31049355038	-0.680310693069	7.75492460682	-1.14209066502	0.925478362477	0.165707068074	0.0389671558196	-0.0360480703286	-0.214351408409	-0.300233146708	-0.109022242574	0.0305499413461	0.277881720483	0.0845967125816	0.365064277027	-0.0100372047866	-0.0541599385262	0.562620224487	0.00688782384671	0.407278637915	45.8021452472	-54.1319905739	16.1925009469
3	4.03748556378	0.184686982753	-0.173996670164	3.79072959747	-0.163580721331	6.18190076464	-1.0832718383	-0.340290913546	1.42706087887	0.280017889863	1.07275634606	-0.0299610028215	0.132064975778	0.663027981709	0.0332781883959	0.417426844726	-0.063919666568	0.0436105850022	0.550351358104	-0.016026555011	0.504111545167	26.7538614015	-26.0809735893	-1.67999823916
4	8.4935155238	-0.979228991893	-2.88358917528	4.43902351411	-0.30030880127	2.66473826325	-0.263316923484	0.64776647549	-1.3003848242	0.144961502921	-0.74755158786	0.331282969315	0.563639191227	-0.0603122900217	0.944279950322	0.448195057284	-0.0421822405722	-0.150137135539	0.559418360328	0.0234084705365	0.435622663301	35.2466783122	-32.3408351395	0.041122795004
5	6.58292424232	-2.16000219284	-4.1431610615	4.73803991641	0.928209205227	2.79802188819	1.61220796492	1.62696136836	1.20714678277	-0.269958159104	-1.14444646183	0.223920857893	0.274888554768	-0.353137431746	-0.553561467219	0.578124621996	-0.0585704331157	-0.0599082311714	0.39429566712	0.150586993029	0.765956498025	33.2669350813	-22.8413829517	9.7767995038
6	6.35950297557	-0.328225084786	-0.0398567874595	6.05668092997	0.856879319301	3.81304436121	-0.140949880289	-0.657283301437	-0.215630121265	1.28721700325	-0.00838506261717	-0.515491106867	0.789924946486	0.0982298992072	0.467937389487	0.590955990874	-0.0324392721491	0.0829980989818	0.519067493215	0.13410572389	0.389101966655	30.1007967728	-36.2486562777	9.47774376582
7	2.58513625183	-0.661027473624	1.75356367592	3.25005839701	-0.913406384135	1.41170686215	-0.507475562586	-0.236488073724	0.191593216095	-0.202707647152	0.156772536677	0.0700178340493	-0.605361322165	0.319411137715	0.38150742993	0.513973444708	-0.137694128671	0.00197798434283	0.473527387369	-0.0721828998549	0.608697477808	32.0026968695	-27.663566382	4.16165364951
8	6.01904576246	-0.806296708289	3.38264302942	4.88270396095	0.907104142834	2.23192782014	-0.711404527672	-0.511979636656	1.20826811126	-0.31747559108	0.0949445391176	0.198274152465	-0.806686674752	0.519205206668	0.537430853063	0.670837912236	-0.139594596689	-0.0433242397394	0.598311625395	-0.138618319099	0.500145375986	37.3599438421	-37.3078783882	-32.0075601483
9	6.51797265436	-1.46696004541	0.830518133789	8.2858072711	-0.891840561199	0.146614816583	0.177393155572	-0.610296540764	0.534535811308	-0.60595518097	-0.414995829265	-0.64459091459	-0.470560114086	0.227599664963	0.078227445008	0.587452891844	-0.0678544235673	0.0601591982805	0.641012874413	-0.015993433935	0.345236650457	50.0996958772	-42.5693225602	-27.465504778
10	2.13121912105	-2.54273869245	-1.17660078313	8.57532705527	-0.225318174925	6.2084430226	-0.321104568093	-0.124784817235	0.297046110143	-0.479416384131	0.0654158933811	1.17804146368	-0.692060737956	-0.910798239775	-0.0870182506864	0.535402592997	-0.127072589907	0.00505296683192	0.556934914804	-0.139020557131	0.80222976212	45.4742226391	-43.3066739614	-20.2119995954
11	5.18362217317	-0.330196752858	-0.14188672972	6.51319169172	2.93658901569	3.39889839558	-0.0981544018157	-0.271765012873	-0.412093054863	0.204260066906	0.0568849253925	1.05574213904	-0.0118366507659	-0.411101217394	-0.187429164406	0.463018480049	-0.030331762326	-0.0813438142848	0.553042898137	0.104538585201	0.441147632652	30.1069743151	-37.4443594307	-21.4138318422
12	4.34084091931	-4.29478668333	1.99636576381	4.13864664036	-2.28421086099	1.77044412071	-0.716204032391	-0.64871387984	0.21040391641	1.3253218223	0.842069923832	0.296614913919	-0.0839683941828	-0.651795463203	-0.159732724209	0.835936873755	0.0133653015209	0.0783589936873	0.64673595399	0.0554101486949	0.445412950398	36.3221269768	-43.653200241	-19.4704952355
13	2.29569541432	2.36965499682	0.12883839038	3.43914149801	-1.34534443253	2.33855842622	-0.1906026022	0.0244434793954	0.226296951882	-0.249781463381	0.123925174067	-1.26711582395	-0.164124846627	1.0241937838	0.094912206889	0.51884506268	-0.178873618807	0.0311841586905	0.737430471915	-0.147114414295	0.655388536487	51.8319597908	-56.5522723163	-22.5289478561
14	8.33760475038	-4.02095779672	-1.35916244067	8.49362958583	-0.742025443636	6.61515932872	0.44487394513	2.10570845813	-0.144982884611	-0.649668196944	-1.0953437753	0.865991017908	0.873501133652	0.378142614347	0.60105018893	0.411404957137	-0.0230196628939	-0.0939834555061	0.475585097501	0.034677854836	0.654456625427	51.6110304884	-55.3727582796	-22.5326821333
15	7.26214424449	1.12887733015	-1.00803088382	7.63762497935	-1.18497263003	8.53367262039	-0.295788833285	-0.721117627601	0.470331068848	0.16824870503	-0.356733769724	0.374212203648	0.0333671058561	0.651633951215	0.738600975737	0.496988892135	-0.0547910158324	-0.0119587354206	0.577276481024	0.0704958435382	0.577244890431	51.1289116511	-72.5725911046	-4.59694341575
16	9.4810127235	0.94682920472	2.83923069813	3.50602043185	-2.05170189933	6.38279676977	0.0220660459914	2.57423200425	-1.15090115999	-0.160225241274	-0.874578361914	-1.1812573952	-0.12732162688	1.46335802079	0.391716515532	0.437203868348	-0.0309049482577	0.0744191318465	0.804980508068	0.0403345655277	0.670672305914	57.5348389639	-76.1739975169	-14.5444836525
17	4.66966221924	1.16597870359	1.45429922919	5.45541742725	-1.36565787717	2.45015357685	-0.29080664173	0.376765083986	0.142753977817	-0.753749088163	0.222263383005	-0.312339298501	-0.123114935482	0.409038759868	0.046068141692	0.437377973749	-0.0688085470402	0.0377953364462	0.453502527585	-0.0201175448455	0.375841884237	50.5075619358	-72.5821788491	-11.0269602755

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 322 through 379 )	A	A	322 - 379	1 - 58
2	2	chain 'A' and (resid 380 through 482 )	A	A	380 - 482	59 - 161
3	3	chain 'C' and (resid 1 through 17 )	C	E	1 - 17	1 - 17
4	4	chain 'C' and (resid 18 through 39 )	C	E	18 - 39	18 - 39
5	5	chain 'C' and (resid 40 through 51 )	C	E	40 - 51	40 - 51
6	6	chain 'C' and (resid 52 through 73 )	C	E	52 - 73	52 - 73
7	7	chain 'C' and (resid 74 through 120 )	C	E	74 - 120	74 - 120
8	8	chain 'B' and (resid 324 through 358 )	B	H	324 - 358	1 - 35
9	9	chain 'B' and (resid 359 through 390 )	B	H	359 - 390	36 - 67
10	10	chain 'B' and (resid 391 through 405 )	B	H	391 - 405	68 - 82
11	11	chain 'B' and (resid 406 through 429 )	B	H	406 - 429	83 - 106
12	12	chain 'B' and (resid 430 through 449 )	B	H	430 - 449	107 - 126
13	13	chain 'B' and (resid 450 through 468 )	B	H	450 - 468	127 - 145
14	14	chain 'B' and (resid 469 through 482 )	B	H	469 - 482	146 - 159
15	15	chain 'D' and (resid 1 through 39 )	D	L	1 - 39	1 - 39
16	16	chain 'D' and (resid 40 through 51 )	D	L	40 - 51	40 - 51
17	17	chain 'D' and (resid 52 through 120 )	D	L	52 - 120	52 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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