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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lwa | |||||||||
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タイトル | Human Exonuclease 5 crystal structure (T88E) in complex with ssDNA and Mg | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 single-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / interstrand cross-link repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Tsai, C.L. / Tainer, J.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021 タイトル: EXO5-DNA structure and BLM interactions direct DNA resection critical for ATR-dependent replication restart. 著者: Hambarde, S. / Tsai, C.L. / Pandita, R.K. / Bacolla, A. / Maitra, A. / Charaka, V. / Hunt, C.R. / Kumar, R. / Limbo, O. / Le Meur, R. / Chazin, W.J. / Tsutakawa, S.E. / Russell, P. / ...著者: Hambarde, S. / Tsai, C.L. / Pandita, R.K. / Bacolla, A. / Maitra, A. / Charaka, V. / Hunt, C.R. / Kumar, R. / Limbo, O. / Le Meur, R. / Chazin, W.J. / Tsutakawa, S.E. / Russell, P. / Schlacher, K. / Pandita, T.K. / Tainer, J.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lwa.cif.gz | 73.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7lwa.ent.gz | 49.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lwa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/7lwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/7lwa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38884.957 Da / 分子数: 1 / 変異: T61E, G145V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXO5, C1orf176, DEM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H790, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3605.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 28分子
#3: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
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#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350 and 0.1 M magnesium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月22日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.85→47.52 Å / Num. obs: 9998 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.362 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.377 / Net I/av σ(I): 8.1 / Net I/σ(I): 8.1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LW7 解像度: 2.85→47.517 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 147.03 Å2 / Biso mean: 54.254 Å2 / Biso min: 24.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.85→47.517 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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