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- PDB-7lvw: Structure of RSV F in Complex with VHH Cl184 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lvw
タイトルStructure of RSV F in Complex with VHH Cl184
要素
  • F-VHH-Cl184
  • Fusion glycoprotein F0
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / nanobody (ナノボディ) / VHH / antibody (抗体) / fusion protein (融合タンパク質) / virus complex (ウイルス) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Respiratory syncytial virus (RSウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hsieh, C.-L. / McLellan, J.S.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2021
タイトル: A vulnerable, membrane-proximal site in human respiratory syncytial virus F revealed by a prefusion-specific single-domain antibody.
著者: Rossey, I. / Hsieh, C.L. / Sedeyn, K. / Ballegeer, M. / Schepens, B. / Mclellan, J.S. / Saelens, X.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
G: F-VHH-Cl184
B: Fusion glycoprotein F0
C: Fusion glycoprotein F0
D: Fusion glycoprotein F0
E: Fusion glycoprotein F0
F: Fusion glycoprotein F0
I: F-VHH-Cl184
K: F-VHH-Cl184
L: F-VHH-Cl184
J: F-VHH-Cl184
H: F-VHH-Cl184
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)434,73521
ポリマ－433,30812
非ポリマー1,4279
水40,6062254
1
A: Fusion glycoprotein F0
G: F-VHH-Cl184
B: Fusion glycoprotein F0
D: Fusion glycoprotein F0
I: F-VHH-Cl184
J: F-VHH-Cl184
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,78912
ポリマ－216,6546
非ポリマー1,1356
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23820 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area73480 Å2
手法PISA
2
C: Fusion glycoprotein F0
E: Fusion glycoprotein F0
F: Fusion glycoprotein F0
K: F-VHH-Cl184
L: F-VHH-Cl184
H: F-VHH-Cl184
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,9469
ポリマ－216,6546
非ポリマー2923
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23100 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area72930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.490, 200.560, 134.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 12分子 ABCDEFGIKLJH

#1: タンパク質
Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F1 / Fusion glycoprotein F2


分子量: 55317.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus (RSウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W8RJF9
#2: 抗体
F-VHH-Cl184


分子量: 16900.924 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): FreeStyle293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 4分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 2259分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M ammonium citrate pH 4.5, 12.5% (v/v) isopropanol, and 21% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→89.9 Å / Num. obs: 301087 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 15113 / CC1/2: 0.568

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C69

5c69


解像度: 2.1→50.25 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 15057 5 %
Rwork0.201 285980 -
obs0.2025 301037 97.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.48 Å2 / Biso mean: 43.9403 Å2 / Biso min: 17.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→50.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28337 0 86 2254 30677
Biso mean--56.41 43.83 -
残基数----3670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.120.29864670.284196721013998
2.12-2.150.29995560.275795501010698
2.15-2.180.27745210.263295711009298
2.18-2.20.31335320.269294681000098
2.2-2.230.29754560.26519511996797
2.23-2.260.29334860.26589389987596
2.26-2.290.29095030.27058996949993
2.29-2.330.29575030.26039369987296
2.33-2.370.27255000.239496701017099
2.37-2.40.28935110.248295891010098
2.4-2.450.27955260.239295691009598
2.45-2.490.28524990.244896591015898
2.49-2.540.26775510.249495441009598
2.54-2.590.28144860.235696501013698
2.59-2.650.26725330.228195591009298
2.65-2.710.26795170.231795071002497
2.71-2.780.27344570.22999240969794
2.78-2.850.24674730.2219258973195
2.85-2.930.26464940.223996701016499
2.93-3.030.26315090.21596731018299
3.03-3.140.23145250.208196661019199
3.14-3.260.23894730.205697201019398
3.26-3.410.23374970.196595781007598
3.41-3.590.20575010.18229362986395
3.59-3.820.20384830.17729342982595
3.82-4.110.20034940.174897721026699
4.11-4.520.18075230.158897181024199
4.52-5.180.1854820.15396681015098
5.18-6.520.20814820.18329420990295
6.52-50.250.18295170.165296201013797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.073-0.41890.05860.49160.06070.0243-0.00450.2185-0.1745-0.1779-0.0736-0.04370.0568-0.01270.07210.2739-0.04440.02650.18860.01460.2417-9.91115.33959.078
22.25590.1352-0.31747.3249-0.5972.58240.0306-0.07470.2266-0.0713-0.0009-0.1687-0.1837-0.0763-0.03540.21230.0357-0.00950.15660.06190.2596-11.14952.38866.218
30.3988-0.3416-0.1170.35730.21330.3370.0178-0.0075-0.004-0.01260.0435-0.06340.01170.1064-0.06280.21910.0007-0.00820.16070.01050.219-8.2963.4571.971
40.261-0.0501-0.29670.43120.03760.88530.0709-0.20520.00820.11690.00720.1481-0.003-0.0229-0.08660.30650.0025-0.00570.36610.00110.2341-36.18839.34117.722
51.1006-0.2168-0.52160.3830.28330.6037-0.0698-0.1129-0.13160.00590.0792-0.13610.080.102-0.00810.2752-0.0353-0.01710.2104-0.00240.2596-17.463-1.09856.968
61.23810.2707-0.29230.4257-0.31560.33750.056-0.43780.16050.25390.07620.1925-0.11010.0638-0.09860.33560.05930.00530.3893-0.03990.2398-42.99449.1864.043
70.6480.5247-0.61160.3452-0.17850.98580.1023-0.00820.1020.0041-0.02010.1488-0.014-0.2315-0.0710.3224-0.0165-0.03310.35330.01190.2573-44.9831.634.31
85.71341.90182.54332.97681.73675.6936-0.08760.28040.1182-0.38150.04570.3638-0.1038-0.17180.04390.313-0.0439-0.0620.1938-0.01810.3652-46.734-8.26734.64
92.29670.5474-0.60195.55440.6731.33470.05160.3599-1.3237-0.4949-0.15630.04751.04990.07930.10151.05290.0177-0.09820.4745-0.08880.8352-37.681-4.735-6.632
101.3854-0.53421.22221.5503-0.03293.709-0.0466-0.83250.44910.5993-0.0427-0.9594-0.34680.39110.05430.5472-0.135-0.18270.9556-0.08150.6791-5.75450.137.633
111.821-0.73730.53842.0709-2.48613.42270.1687-0.5657-0.11011.0172-0.11370.22950.186-0.1949-0.05650.7893-0.10340.02890.39990.05830.3062-16.231-13.008106.239
123.0208-0.45040.50884.9783-2.93066.320.0850.38160.2717-0.33-0.07140.0223-0.19430.10520.00320.26840.06020.0060.19670.02370.2851-41.72168.811-28.436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 27:552 )A27 - 552
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN G AND RESID 1:113 )G1 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 27:552 )B27 - 552
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 27:552 )C27 - 552
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN D AND ( RESID 27:552 OR RESID 601:601 ) )D27 - 552
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN D AND ( RESID 27:552 OR RESID 601:601 ) )D601
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN E AND RESID 27:552 )E27 - 552
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN F AND RESID 27:552 )F27 - 552
9X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN I AND RESID 1:113 )I1 - 113
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN K AND RESID 1:111 )K1 - 111
11X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN L AND RESID 1:113 )L1 - 113
12X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN J AND RESID 1:113 )J1 - 113
13X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN H AND RESID 1:113 )H1 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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