PDB-7lqc: X-ray radiation damage series on Proteinase K at 277K, multi-conf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lqc

タイトル

X-ray radiation damage series on Proteinase K at 277K, multi-conformer model, dataset 4 (merged)

要素

Proteinase K

プロテイナーゼK

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

radiation damage / conformational heterogeneity /

protease (プロテアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity /

タンパク質分解 / extracellular region /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Parengyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.02 Å

データ登録者

Yabukarski, F. / Doukov, T. / Herschlag, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Evaluating the impact of X-ray damage on conformational heterogeneity in room-temperature (277 K) and cryo-cooled protein crystals.
著者: Yabukarski, F. / Doukov, T. / Mokhtari, D.A. / Du, S. / Herschlag, D.

履歴

登録	2021年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lqc.cif.gz	345.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lqc.ent.gz	243.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lqc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/7lqc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7lfgC 7ljvC 7ljwC 7ljzC 7lk5C 7lk6C 7llpC 7ln7SC 7ln8C 7ln9C 7lnbC 7lncC 7lndC 7loqC 7lorC 7lp6C 7lplC 7lpmC 7lptC 7lpuC 7lpvC 7lq8C 7lq9C 7lqaC 7lqbC 7ltdC 7ltiC 7ltvC 7lu0C 7lu1C 7lu2C 7lu3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lpu-d 5rpz-d 6zeu-d 5rpl-d 5wjg-d 5rp6-d 5wrc-d 7lq8-d 6pu5-d 5rpp-d 4woc-d 6k2p-d 2g4v-d 5rpm-d 5wjh-d 5rol-d 1oyo-d 5rpr-d 5roe-d 6pkp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.840, 67.840, 101.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Proteinase K / プロテイナーゼK / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase 分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of precipitant solution (1.0 M Ammonium Sulfate).

結晶

マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.22 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Proteinase K was dissolved in 10 mM Calcium Chloride, 50 mM Tris pH 7.5 at a final concentration of 30 mg/ml. 1-2 microliters of this protein solution was mixed with an equivalent volume of ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.88557 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88557 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.02→34.89 Å / Num. obs: 120685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 67.6 % / B_iso Wilson estimate: 10.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.625 / R_pim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 17.7
反射シェル	解像度: 1.02→1.04 Å / 冗長度: 46.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 5861 / R_pim(I) all: 8.158 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7LN7

7ln7

解像度: 1.02→33.92 Å / SU ML: 0.0993 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.558
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.128	5881	4.88 %
R_work	0.111	114662	-
obs	0.1118	120543	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.02→33.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	16	281	2329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0068	6457
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9612	8740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0733	978
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2495	2225

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.02-1.03	0.301	198	0.3066	3754	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.03-1.04	0.2851	178	0.2765	3777	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.04-1.06	0.2723	199	0.2523	3740	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.06-1.07	0.234	200	0.2221	3754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.07-1.08	0.1924	196	0.2059	3786	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.08-1.1	0.2303	208	0.1912	3781	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.1-1.12	0.1985	205	0.1758	3784	X-RAY DIFFRACTION	100
1.12-1.13	0.2142	200	0.1693	3749	X-RAY DIFFRACTION	100
1.13-1.15	0.1525	228	0.1504	3756	X-RAY DIFFRACTION	100
1.15-1.17	0.151	203	0.1413	3760	X-RAY DIFFRACTION	100
1.17-1.19	0.148	182	0.1344	3796	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.19-1.21	0.1429	201	0.1301	3794	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.21-1.23	0.1322	191	0.1239	3796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.23-1.26	0.1209	187	0.1196	3788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.26-1.29	0.1319	185	0.1138	3808	X-RAY DIFFRACTION	100
1.29-1.32	0.135	191	0.1104	3811	X-RAY DIFFRACTION	100
1.32-1.35	0.1313	217	0.1017	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.39	0.1155	179	0.0945	3838	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.43	0.1138	189	0.0931	3803	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.47	0.1084	176	0.0865	3860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.53	0.1003	191	0.0837	3795	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.59	0.1113	204	0.0819	3830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.66	0.0967	173	0.0833	3855	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.75	0.0975	182	0.0834	3865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.86	0.1059	173	0.0909	3870	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-2	0.098	229	0.088	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.2	0.1129	211	0.0877	3861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.52	0.1005	215	0.0933	3884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-3.17	0.1239	190	0.1112	3977	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-33.92	0.1371	200	0.1148	4183	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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