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- PDB-7kvy: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kvy
タイトルCrystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-ethylphosphate and Co-enzyme A from Coccidioides immitis RS
要素Acetyl-coenzyme A synthetase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / SSGCID / Acetyl-coenzyme A synthetase / ethyl-AMP / CoA / Co-Enzyme A / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
補酵素A / 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine / Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Coccidioides immitis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Acetyl-CoA synthetase in complex with adenosine-5'-ethylphosphate and Co-enzyme A from Coccidioides immitis RS
著者: Fox III, D. / Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Esan, T.E. / Hagen, T.J. / Krysan, D.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,13712
ポリマ－78,4361
非ポリマー1,70111
水6,197344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.940, 106.940, 115.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A synthetase


分子量: 78435.828 Da / 分子数: 1 / 断片: CoimA.00629.a.FS11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coccidioides immitis (strain RS) (菌類)
株: RS / 遺伝子: CIMG_01510 / プラスミド: CoimA.00629.a.FS11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J3KJC6, acetate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA / 補酵素A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物 ChemComp-WTA / 5'-O-[(S)-ethoxy(hydroxy)phosphoryl]adenosine / 5′-アデニル酸エチル


分子量: 375.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N5O7P
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Optimization conditions around RigakuReagents JCSG H3: 18.32@ PEG3,350, 0.2M Lithium acetate; CoimA.00629.a.FS11.PD00401 at 10 mg/mL + 1mM TCEP (added first) + 1mM adenosine-5'-ethylphosphate ...詳細: Optimization conditions around RigakuReagents JCSG H3: 18.32@ PEG3,350, 0.2M Lithium acetate; CoimA.00629.a.FS11.PD00401 at 10 mg/mL + 1mM TCEP (added first) + 1mM adenosine-5'-ethylphosphate + 1mM Co-EnzymeA; Cryo: 20% ethylene glycol; tray 317944f5, puck dzd7-5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月24日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 59143 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 33.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.29
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19RC4_4035精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KCP

7kcp


解像度: 1.9→46.31 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 1990 3.37 %
Rwork0.163 --
obs0.164 59133 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4864 0 109 344 5317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8277045
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6031816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.30911460.26024066X-RAY DIFFRACTION100
1.95-20.23961370.24184044X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.25421400.21424060X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.130.22761440.20234080X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.20.21321450.1914058X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.22121400.17844082X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.390.18031410.16174081X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.520.20491460.16964057X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.680.21491420.17374113X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.880.22951410.17064075X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.170.2011350.16764078X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.630.18751460.15584104X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.580.15221390.13334099X-RAY DIFFRACTION100
4.58-46.310.17711480.15174146X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3392-0.7072-0.05682.20550.77811.3273-0.301-0.44210.65840.55150.286-1.4045-0.22580.5228-0.07330.63550.0236-0.39890.58-0.07080.9182-14.310935.402818.4885
20.92-0.4819-0.09872.5659-0.34450.8453-0.0403-0.03970.09350.13580.0624-0.2898-0.0313-0.0767-0.01690.2366-0.0221-0.01530.2616-0.00360.1935-37.306739.75971.9654
31.0747-0.3457-0.24742.0539-0.38951.31970.05760.33660.1544-0.6351-0.0294-0.4412-0.0249-0.0331-0.03070.4097-0.01270.12260.3430.06150.2616-34.318244.5848-18.3288
41.3812-0.9909-0.06053.0288-0.13390.8572-0.0378-0.05690.39810.18440.0347-1.1579-0.12810.17330.00950.2228-0.0548-0.05310.2462-0.01760.5207-20.398542.94812.3183
52.9119-0.65670.74892.72040.49622.54090.01150.0734-0.19950.1650.0229-0.59770.31740.26-0.03480.27730.0027-0.00680.21460.02340.3587-20.135919.1091.5558
61.6986-0.23810.19742.5779-1.07362.88420.07060.25270.1233-0.37650.0069-1.06480.07970.3656-0.05060.37550.01290.1620.4398-0.03350.7859-10.380828.2864-10.498
72.02210.34390.39741.0241-0.74214.4120.34740.53870.095-0.4586-0.017-0.7375-0.231.1541-0.28080.6461-0.03240.36110.8635-0.0630.9698-4.680531.6588-24.8312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 10 THROUGH 52 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 53 THROUGH 160 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 161 THROUGH 259 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 260 THROUGH 453 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 454 THROUGH 516 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 517 THROUGH 569 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 570 THROUGH 668 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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