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万見

- PDB-7k3x: SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k3x

タイトル

SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation

要素

SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid filament / low complexity sequence / cryptogenic liver disease

機能・相同性

2-プロパノール

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.705 Å

データ登録者

Murray, K.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Identifying amyloid-related diseases by mapping mutations in low-complexity protein domains to pathologies.
著者: Murray, K.A. / Hughes, M.P. / Hu, C.J. / Sawaya, M.R. / Salwinski, L. / Pan, H. / French, S.W. / Seidler, P.M. / Eisenberg, D.S.

履歴

登録	2020年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2022年7月6日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k3x.cif.gz	12.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k3x.ent.gz	5.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/7k3x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7k3cC 7k3yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pmk-2 7a3m-d 4ait-d 6tj4-1 1kiv-d 7a1h-d 4oxc-4 1coa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation

ヘテロ分子

728 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation

ヘテロ分子

A: SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation

ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation

ヘテロ分子

A: SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
7.28 kDa, 10 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_455	x-1,y,z	1
crystal symmetry operation	1_655	x+1,y,z	1
crystal symmetry operation	1_355	x-2,y,z	1
crystal symmetry operation	1_755	x+2,y,z	1
crystal symmetry operation	1_556	x,y,z+1	1
crystal symmetry operation	1_456	x-1,y,z+1	1
crystal symmetry operation	1_656	x+1,y,z+1	1
crystal symmetry operation	1_356	x-2,y,z+1	1
crystal symmetry operation	1_756	x+2,y,z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	4.740, 46.170, 10.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド	SGMGCIT segment 58-64 from Keratin-8 with G62C mutation 分子量: 667.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M sodium citrate tribasic dehydrate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 20% v/v 2-propanol

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5277
pseudo-merohedral	2	2	-H, -K, H+L	2	0.4723

反射

解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 472 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.192 / R_pim(I) all: 0.102 / R_rim(I) all: 0.219 / Χ²: 2.04 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 2087

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.76	2.6	0.947	40	0.026	0.636	1.149	1.84	71.4
1.76-1.83	3.8	0.829	32	0.567	0.433	0.937	1.492	100
1.83-1.91	3.8	0.633	51	0.408	0.371	0.739	1.629	100
1.91-2.02	3.7	0.338	46	0.783	0.199	0.395	1.465	88.5
2.02-2.14	4.5	0.325	55	0.973	0.161	0.364	2.009	93.2
2.14-2.31	6	0.297	51	0.972	0.136	0.328	1.639	100
2.31-2.54	4.8	0.241	54	0.989	0.121	0.271	1.565	98.2
2.54-2.91	4.2	0.166	32	0.974	0.124	0.21	1.535	91.4
2.91-3.66	5	0.185	55	0.98	0.094	0.208	2.722	100
3.66-100	4.8	0.123	56	0.976	0.062	0.139	3.441	94.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.71 Å	23.09 Å
Translation	1.71 Å	23.09 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
REFMAC	5.8.0266	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ideal beta strand

解像度: 1.705→23.086 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 4.917 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2481	45	10.045 %
R_work	0.2468	403	-
all	0.247	-	-
obs	-	448	95.117 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.407 Å²	-0 Å²	-4.262 Å²
2-	-	1.134 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.273 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.705→23.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	44	0	4	1	49

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.014	46
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.061	0.018	50
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.908	1.731	59
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.593	1.646	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.503	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.662	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	50
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.083	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.137	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.332	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.788	2.02	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.858	1.984	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.142	3.003	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.003	3.061	29
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.934	2.833	19
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.609	2.774	20
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.861	4.13	26
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.583	4.05	27
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.747	28.484	33
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.717	29.582	34

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.705-1.749			0.374	25	X-RAY DIFFRACTION	75.7576
1.749-1.797	0.625	3	0.342	24	X-RAY DIFFRACTION	100
1.797-1.849	0.143	2	0.425	26	X-RAY DIFFRACTION	100
1.849-1.905	0.005	1	0.344	24	X-RAY DIFFRACTION	100
1.905-1.967	0.172	3	0.235	32	X-RAY DIFFRACTION	94.5946
1.967-2.036	0.376	6	0.335	27	X-RAY DIFFRACTION	80.4878
2.036-2.112	0.195	2	0.16	27	X-RAY DIFFRACTION	100
2.112-2.198	0.094	2	0.247	26	X-RAY DIFFRACTION	100
2.198-2.295	0.446	3	0.23	22	X-RAY DIFFRACTION	100
2.295-2.405	0.633	4	0.336	31	X-RAY DIFFRACTION	100
2.405-2.534	0.415	7	0.216	18	X-RAY DIFFRACTION	96.1538
2.534-2.686		0	0.358	13	X-RAY DIFFRACTION	92.8571
2.686-2.868		0	0.301	15	X-RAY DIFFRACTION	93.75
2.868-3.094	0.063	2	0.273	23	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.383	0.751	1	0.245	17	X-RAY DIFFRACTION	100
3.383-3.773	0.13	4	0.141	11	X-RAY DIFFRACTION	100
3.773-4.337	0.219	2	0.151	17	X-RAY DIFFRACTION	95
4.337-5.265	0.185	2	0.117	15	X-RAY DIFFRACTION	100
5.265-7.26		0	0.395	4	X-RAY DIFFRACTION	100
7.26-23.086	0.069	1	0.281	6	X-RAY DIFFRACTION	87.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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