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- PDB-7k0g: 1.85 A resolution structure of SARS-CoV 3CL protease in complex w... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7k0g
タイトル1.85 A resolution structure of SARS-CoV 3CL protease in complex with deuterated GC376
要素Replicase polyprotein 1a
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / PROTEASE (プロテアーゼ) / severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARSコロナウイルス) / SARS 3CL protease Inhhibitors / hydrolase (加水分解酵素) / deuterated hydrolase inhibitor / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication ...Assembly of the SARS-CoV-1 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / K48-linked deubiquitinase activity / host cell endoplasmic reticulum / K63-linked deubiquitinase activity / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / viral genome replication / methyltransferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / メチル化 / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont-mediated suppression of host gene expression / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / タンパク質分解 / zinc ion binding / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like ...Non-structural protein 3, SUD-N macrodomain, SARS-CoV / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B1S / Chem-K36 / Replicase polyprotein 1a
類似検索 - 構成要素
生物種Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Chamandi, S.D. / Nguyen, H.N. / Kim, Y. / Chang, K.O. / Groutas, W.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI109039 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Postinfection treatment with a protease inhibitor increases survival of mice with a fatal SARS-CoV-2 infection.
著者: Dampalla, C.S. / Zheng, J. / Perera, K.D. / Wong, L.R. / Meyerholz, D.K. / Nguyen, H.N. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Kim, Y. / Perlman, S. / Groutas, W.C. / Chang, K.O.
履歴
登録2020年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicase polyprotein 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4313
ポリマ－34,4601
非ポリマー9712
水2,288127
1
A: Replicase polyprotein 1a
ヘテロ分子

A: Replicase polyprotein 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8636
ポリマ－68,9212
非ポリマー1,9424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.882, 45.192, 53.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-609-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Replicase polyprotein 1a / pp1a / ORF1a polyprotein


分子量: 34460.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal hexahistidine tag
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (SARSコロナウイルス)
遺伝子: 1a / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: P0C6U8, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 3C様プロテアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-K36 / (1S,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid / GC376 / GC376


タイプ: peptide-likeペプチド / 分子量: 485.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-B1S / (1R,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid


タイプ: peptide-likeペプチド / 分子量: 485.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N3O8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細Both B1S and K36 are deuterated in this structure
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.94 Å / Num. obs: 23106 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 187771
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.85-1.898.41.2051192214110.6791.9100
9.06-47.946.80.04116302400.99738.999

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.46 Å48.05 Å
Translation5.46 Å48.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.1_3863精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6W2A

6w2a


解像度: 1.85→34.64 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 1130 4.9 %
Rwork0.1917 21933 -
obs0.1942 23063 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.29 Å2 / Biso mean: 40.1913 Å2 / Biso min: 18.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→34.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2194 0 58 127 2379
Biso mean--34.2 42.51 -
残基数----296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.85-1.930.35071540.274226752829
1.93-2.040.24241320.230426982830
2.04-2.160.29011440.219526972841
2.16-2.330.261320.209227172849
2.33-2.570.27861440.213927182862
2.57-2.940.25591360.217927392875
2.94-3.70.24971300.190227892919
3.7-34.640.20061580.161829003058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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