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万見
- PDB-7jhy: Type IV-B CRISPR Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jhy
タイトルType IV-B CRISPR Complex
要素
  • Csf2 (Cas7)
  • Csf4 (Cas11)
  • RNA (31-MER)
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA (免疫系) / CRISPR Complex (CRISPR) / IMMUNE SYSTEM-RNA complex (免疫系)
機能・相同性CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / リボ核酸 / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium sp. JS623 (マイコバクテリウム属)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Bravo, J.P.K. / Taylor, D.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Welch FoundationF-1938 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160088 米国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2021
タイトル: Structure of a type IV CRISPR-Cas ribonucleoprotein complex.
著者: Yi Zhou / Jack P K Bravo / Hannah N Taylor / Jurre A Steens / Ryan N Jackson / Raymond H J Staals / David W Taylor /
要旨: We reveal the cryo-electron microscopy structure of a type IV-B CRISPR ribonucleoprotein (RNP) complex (Csf) at 3.9-Å resolution. The complex best resembles the type III-A CRISPR Csm effector ...We reveal the cryo-electron microscopy structure of a type IV-B CRISPR ribonucleoprotein (RNP) complex (Csf) at 3.9-Å resolution. The complex best resembles the type III-A CRISPR Csm effector complex, consisting of a Cas7-like (Csf2) filament intertwined with a small subunit (Cas11) filament, but the complex lacks subunits for RNA processing and target DNA cleavage. Surprisingly, instead of assembling around a CRISPR-derived RNA (crRNA), the complex assembles upon heterogeneous RNA of a regular length arranged in a pseudo-A-form configuration. These findings provide a high-resolution glimpse into the assembly and function of enigmatic type IV CRISPR systems, expanding our understanding of class I CRISPR-Cas system architecture, and suggesting a function for type IV-B RNPs that may be distinct from other class 1 CRISPR-associated systems.
履歴
登録2020年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22340
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
e: Csf2 (Cas7)
d: Csf2 (Cas7)
c: Csf2 (Cas7)
f: Csf2 (Cas7)
b: Csf2 (Cas7)
a: Csf2 (Cas7)
z: RNA (31-MER)
h: Csf4 (Cas11)
g: Csf4 (Cas11)
j: Csf4 (Cas11)
k: Csf4 (Cas11)
i: Csf4 (Cas11)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,76912
ポリマ－291,76912
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area32670 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area104890 Å2

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要素

#1: タンパク質
Csf2 (Cas7)


分子量: 32085.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium sp. JS623 (マイコバクテリウム属)
遺伝子: Mycsm_07113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0J6R6
#2: RNA鎖 RNA (31-MER)


分子量: 9561.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium sp. JS623 (マイコバクテリウム属)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質
Csf4 (Cas11)


分子量: 17939.254 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium sp. JS623 (マイコバクテリウム属)
遺伝子: Mycsm_07114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0JA79

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Csf CRISPR Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mycobacterium sp. JS623 (マイコバクテリウム属)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 296319 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00517025
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.10423361
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.1922653
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0572766
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072942

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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