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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7gss | ||||||
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タイトル | Human glutathione S-transferase P1-1, complex with glutathione | ||||||
要素 | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE P1-1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / GLUTATHIONE (グルタチオン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide storage / S-nitrosoglutathione binding / kinase regulator activity / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process ...nitric oxide storage / S-nitrosoglutathione binding / kinase regulator activity / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / linoleic acid metabolic process / negative regulation of leukocyte proliferation / 薬物代謝 / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / Paracetamol ADME / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / negative regulation of MAPK cascade / Detoxification of Reactive Oxygen Species / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / glutathione metabolic process / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of fibroblast proliferation / xenobiotic metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to reactive oxygen species / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / central nervous system development / fatty acid binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / secretory granule lumen / cellular response to lipopolysaccharide / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Oakley, A. / Parker, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: The structures of human glutathione transferase P1-1 in complex with glutathione and various inhibitors at high resolution. 著者: Oakley, A.J. / Bello, M.L. / Battistoni, A. / Ricci, G. / Rossjohn, J. / Villar, H.O. / Parker, M.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Three-Dimensional Structure of Class Pi Glutathione S-Transferase from Human Placenta in Complex with S-Hexylglutathione at 2.8 A Resolution 著者: Reinemer, P. / Dirr, H.W. / Ladenstein, R. / Huber, R. / Lo Bello, M. / Federici, G. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7gss.cif.gz | 92.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7gss.ent.gz | 75.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7gss.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/7gss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/7gss | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99987, -0.015867, -0.002893), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23246.570 Da / 分子数: 2 / 断片: TWO INTACT MONOMERS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOPLASM細胞質 / 遺伝子: GTP_HUMAN / 器官: PLACENTA胎盤 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P09211, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月28日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 21054 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 86 |
反射 | *PLUS % possible obs: 83 % / Num. measured all: 79057 / Rmerge(I) obs: 0.133 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86 % / Rmerge(I) obs: 0.382 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GSS 解像度: 2.2→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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