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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7fid | ||||||
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タイトル | Processive cleavage of substrate at individual proteolytic active sites of the Lon proteasecomplex (conformation 1) | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / AAA / protease / complex / proteolysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase La / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / cellular response to heat / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Meiothermus taiwanensis (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.44 Å | ||||||
データ登録者 | Li, S. / Hsieh, K. / Kuo, C. / Su, S. / Huang, K. / Zhang, K. / Chang, C.I. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Processive cleavage of substrate at individual proteolytic active sites of the Lon protease complex. 著者: Shanshan Li / Kan-Yen Hsieh / Chiao-I Kuo / Shih-Chieh Su / Kai-Fa Huang / Kaiming Zhang / Chung-I Chang / 要旨: The Lon protease is the prototype of a family of proteolytic machines with adenosine triphosphatase modules built into a substrate degradation chamber. Lon is known to degrade protein substrates in a ...The Lon protease is the prototype of a family of proteolytic machines with adenosine triphosphatase modules built into a substrate degradation chamber. Lon is known to degrade protein substrates in a processive fashion, cutting a protein chain processively into small peptides before commencing cleavages of another protein chain. Here, we present structural and biochemical evidence demonstrating that processive substrate degradation occurs at each of the six proteolytic active sites of Lon, which forms a deep groove that partially encloses the substrate polypeptide chain by accommodating only the unprimed residues and permits processive cleavage in the C-to-N direction. We identify a universally conserved acidic residue at the exit side of the binding groove indispensable for the proteolytic activity. This noncatalytic residue likely promotes processive proteolysis by carboxyl-carboxylate interactions with cleaved intermediates. Together, these results uncover a previously unrecognized mechanism for processive substrate degradation by the Lon protease. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7fid.cif.gz | 783.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7fid.ent.gz | 660.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7fid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7fid_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7fid_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7fid_validation.xml.gz | 112.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7fid_validation.cif.gz | 178.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fi/7fid | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 90081.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis (バクテリア) 遺伝子: lonA1, lon / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A059VAZ3, endopeptidase La #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meiothermus taiwanensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Lon bound to endogenous substrate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Meiothermus taiwanensis WR-220 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 324693 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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