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- PDB-7fdr: 7-FE FERREDOXIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII, NA DITHIONITE REDUCE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fdr
タイトル7-FE FERREDOXIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII, NA DITHIONITE REDUCED, PH 8.5, 1.4A RESOLUTION, 100 K
要素PROTEIN (7-FE FERREDOXIN I)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / IRON-SULFUR (鉄硫黄タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3470) / 7Fe ferredoxin / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits ...Ferredoxin, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3470) / 7Fe ferredoxin / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター / Ferredoxin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / その他 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Schipke, C.G. / Goodin, D.B. / Mcree, D.E. / Stout, C.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Oxidized and reduced Azotobacter vinelandii ferredoxin I at 1.4 A resolution: conformational change of surface residues without significant change in the [3Fe-4S]+/0 cluster.
著者: Schipke, C.G. / Goodin, D.B. / McRee, D.E. / Stout, C.D.
履歴
登録1998年12月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02018年4月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _diffrn_source.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 3.02023年9月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (7-FE FERREDOXIN I)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7073
ポリマ－12,0601
非ポリマー6472
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.510, 54.510, 93.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (7-FE FERREDOXIN I) / FD1


分子量: 12059.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00214
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 % / 解説: ALL DATA INCLUDING NEGATIVE I'S WERE USED
結晶化pH: 7.8
詳細: PROTEIN CRYSTALLIZED FROM 60% SAT. AMMONIUM SULFATE, 0.4M TRIS-HCL, PH 7.8
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: unknown / 詳細: Stout, C.D., (1979) J.Biol.Chem., 254, 3598.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17-10 mg/mlprotein11
20.5 Mpotassium phosphate11
31.2 Mammonium sulfate11
43.5 Mammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年10月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 17496 / % possible obs: 60.1 % / 冗長度: 2.28 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.31 / % possible all: 29.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 66520 / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.5 Å / % possible obs: 29.8 % / Rmerge(I) obs: 0.31

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TRIVIALCASEモデル構築
SHELXL97精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
TRIVIALCASE位相決定
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: PDB ENTRY 6FDR

6fdr


解像度: 1.4→100 Å / Num. parameters: 9013 / Num. restraintsaints: 10705 / σ(F): 0 / StereochEM target val spec case: FE CLUSTERS NOT RESTRAINED / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER /
Rfactor反射数%反射
obs0.17 -60.1 %
all-16282 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 776 / Occupancy sum non hydrogen: 997.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1626 0 15 142 1783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.385
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.106
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.108
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.112
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.135
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 9999 Å / σ(F): 4 / Rfactor all: 0.17 / Rfactor obs: 0.148 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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