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- PDB-7fd2: Cryo-EM structure of an alphavirus, Getah virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7fd2
タイトルCryo-EM structure of an alphavirus, Getah virus
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • capsid proteinカプシド
キーワードVIRUS (ウイルス) / mature / Infective
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / タンパク質分解 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / パルミチン酸 / ステアリン酸 / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Getah virus (ゲタウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Liu, Z. / Liu, C. / Wang, A.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81870246 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82070329 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structure of infective Getah virus at 2.8 Å resolution determined by cryo-electron microscopy.
著者: Aojie Wang / Feng Zhou / Congcong Liu / Dongsheng Gao / Ruxi Qi / Yiheng Yin / Sheng Liu / Yuanzhu Gao / Lutang Fu / Yinhe Xia / Yawei Xu / Chuanqing Wang / Zheng Liu /
要旨: Getah virus (GETV), a member of the genus alphavirus, is a mosquito-borne pathogen that can cause pyrexia and reproductive losses in animals. Although antibodies to GETV have been found in over 10% ...Getah virus (GETV), a member of the genus alphavirus, is a mosquito-borne pathogen that can cause pyrexia and reproductive losses in animals. Although antibodies to GETV have been found in over 10% of healthy people, there are no reports of clinical symptoms associated with GETV. The biological and pathological properties of GETV are largely unknown and antiviral or vaccine treatments against GETV are still unavailable due to a lack of knowledge of the structure of the GETV virion. Here, we present the structure of infective GETV at a resolution of 2.8 Å with the atomic models of the capsid protein and the envelope glycoproteins E1 and E2. We have identified numerous glycosylation and S-acylation sites in E1 and E2. The surface-exposed glycans indicate a possible impact on viral immune evasion and host cell invasion. The S-acylation sites might be involved in stabilizing the transmembrane assembly of E1 and E2. In addition, a cholesterol and a phospholipid molecule are observed in a transmembrane hydrophobic pocket, together with two more cholesterols surrounding the pocket. The cholesterol and phospholipid stabilize the hydrophobic pocket in the viral envelope membrane. The structural information will assist structure-based antiviral and vaccine screening, design, and optimization.
履歴
登録2021年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein 1
B: Envelope glycoprotein 2
C: capsid protein
E: Envelope glycoprotein 1
F: Envelope glycoprotein 2
G: capsid protein
I: Envelope glycoprotein 1
J: Envelope glycoprotein 2
K: capsid protein
M: Envelope glycoprotein 1
N: Envelope glycoprotein 2
O: capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,69864
ポリマ－495,63312
非ポリマー21,06552
水0
1
A: Envelope glycoprotein 1
B: Envelope glycoprotein 2
C: capsid protein
E: Envelope glycoprotein 1
F: Envelope glycoprotein 2
G: capsid protein
I: Envelope glycoprotein 1
J: Envelope glycoprotein 2
K: capsid protein
M: Envelope glycoprotein 1
N: Envelope glycoprotein 2
O: capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,001,8563840
ポリマ－29,737,982720
非ポリマー1,263,8743120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Envelope glycoprotein 1
B: Envelope glycoprotein 2
C: capsid protein
E: Envelope glycoprotein 1
F: Envelope glycoprotein 2
G: capsid protein
I: Envelope glycoprotein 1
J: Envelope glycoprotein 2
K: capsid protein
M: Envelope glycoprotein 1
N: Envelope glycoprotein 2
O: capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.58 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,583,488320
ポリマ－2,478,16560
非ポリマー105,323260
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Envelope glycoprotein 1
B: Envelope glycoprotein 2
C: capsid protein
E: Envelope glycoprotein 1
F: Envelope glycoprotein 2
G: capsid protein
I: Envelope glycoprotein 1
J: Envelope glycoprotein 2
K: capsid protein
M: Envelope glycoprotein 1
N: Envelope glycoprotein 2
O: capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.1 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,100,186384
ポリマ－2,973,79872
非ポリマー126,387312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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Envelope glycoprotein ... , 2種, 8分子 AEIMBFJN

#1: タンパク質
Envelope glycoprotein 1


分子量: 47560.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Getah virus (ゲタウイルス) / 参照: UniProt: A0A1Z2R994, トガビリン
#2: タンパク質
Envelope glycoprotein 2 / p130


分子量: 46147.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Getah virus (ゲタウイルス) / 参照: UniProt: A0A1Z2R994, トガビリン

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CGKO

#3: タンパク質
capsid protein / カプシド


分子量: 30200.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Getah virus (ゲタウイルス) / 参照: UniProt: A0A1Z2R994, トガビリン

-
糖 , 4種, 16分子

#4: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 36分子

#8: 化合物
ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#9: 化合物
ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸 / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Getah virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Getah virus (ゲタウイルス) / 株: GETV-V1
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: NICKEL/TITANIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1.25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16894
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2RELION3.0.8画像取得Relion3.0.8 was used to Class3d, Refine3D, postprocess and polishing
3jspr2017画像取得JSPR was used to align particles and crop particles
5CTFFIND4.1CTF補正CTFFIND 4.1 was used to estimate CTF
8UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
10PHENIX1.18.2モデル精密化
11RELION3.0.8初期オイラー角割当
12RELION3.0.8最終オイラー角割当
13RELION3.0.8分類
14RELION3.0.8３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 171059
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2041957 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
13J0C

3j0c

D1
23J0C

3j0c

E1
33J0C

3j0c

F1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00533424
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.04445429
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.7995064
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0615187
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0175675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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