PDB-7f81: Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z from Ente...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f81

タイトル

Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z from Enterobacter sp. CJF-002

要素

Glucanase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

carbohydrate (炭水化物)

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 /

cellulase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. CJF-002 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Fujiwara, T. / Fujishima, A. / Yao, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2022
タイトル: Structural snapshot of a glycoside hydrolase family 8 endo-beta-1,4-glucanase capturing the state after cleavage of the scissile bond.
著者: Fujiwara, T. / Fujishima, A. / Nakamura, Y. / Tajima, K. / Yao, M.

履歴

登録	2021年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f81.cif.gz	671.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f81.ent.gz	457.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f81.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f81 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f81	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7f82C 3qxfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7f81-3 3qxf-3 3qxf-4 7f82-2 3qxq-1 6hfd-d 4q88-1 7jvv-1 3qxf-1 1nnb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glucanase

B: Glucanase

C: Glucanase

D: Glucanase

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
39.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.267, 91.454, 89.931
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.154, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	CYS	CYS	PRO	PRO	(chain 'A' and (resid 22 through 44 or resid 46...	A	A	22 - 44	6 - 28
1	2	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 22 through 44 or resid 46...	A	A	46 - 244	30 - 228
1	3	VAL	VAL	GLU	GLU	(chain 'A' and (resid 22 through 44 or resid 46...	A	A	246 - 265	230 - 249
1	4	LEU	LEU	TRP	TRP	(chain 'A' and (resid 22 through 44 or resid 46...	A	A	267 - 359	251 - 343
1	5	GOL	GOL	GOL	GOL	(chain 'A' and (resid 22 through 44 or resid 46...	A	E - F	401 - 402
2	1	CYS	CYS	PRO	PRO	(chain 'B' and (resid 22 through 44 or resid 46...	B	B	22 - 44	6 - 28
2	2	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 22 through 44 or resid 46...	B	B	46 - 244	30 - 228
2	3	VAL	VAL	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 22 through 44 or resid 46...	B	B	246 - 265	230 - 249
2	4	LEU	LEU	TRP	TRP	(chain 'B' and (resid 22 through 44 or resid 46...	B	B	267 - 359	251 - 343
2	5	GOL	GOL	GOL	GOL	(chain 'B' and (resid 22 through 44 or resid 46...	B	G - H	401 - 402
3	1	CYS	CYS	PRO	PRO	(chain 'C' and (resid 22 through 44 or resid 46...	C	C	22 - 44	6 - 28
3	2	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 22 through 44 or resid 46...	C	C	46 - 244	30 - 228
3	3	VAL	VAL	GLU	GLU	(chain 'C' and (resid 22 through 44 or resid 46...	C	C	246 - 265	230 - 249
3	4	LEU	LEU	TRP	TRP	(chain 'C' and (resid 22 through 44 or resid 46...	C	C	267 - 359	251 - 343
3	5	GOL	GOL	GOL	GOL	(chain 'C' and (resid 22 through 44 or resid 46...	C	N - O	401 - 402
4	1	CYS	CYS	PRO	PRO	(chain 'D' and (resid 22 through 44 or resid 46...	D	D	22 - 44	6 - 28
4	2	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain 'D' and (resid 22 through 44 or resid 46...	D	D	46 - 244	30 - 228
4	3	VAL	VAL	GLU	GLU	(chain 'D' and (resid 22 through 44 or resid 46...	D	D	246 - 265	230 - 249
4	4	LEU	LEU	TRP	TRP	(chain 'D' and (resid 22 through 44 or resid 46...	D	D	267 - 359	251 - 343
4	5	GOL	GOL	GOL	GOL	(chain 'D' and (resid 22 through 44 or resid 46...	D	T - U	401 - 402

#1: タンパク質	Glucanase / 分子量: 39479.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. CJF-002 (バクテリア) 遺伝子: bcsZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: K0IUV6, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 957 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-sodium tartrate, 20%(v/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 107156 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.33 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.26
反射シェル	解像度: 1.93→2.05 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / Num. unique obs: 17297 / CC_1/2: 0.837 / R_rim(I) all: 0.696 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX		位相決定
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QXF

3qxf

解像度: 1.93→38.34 Å / SU ML: 0.194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.5141
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1968	5341	4.99 %
R_work	0.1622	101767	-
obs	0.164	107108	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→38.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10832	0	146	957	11935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	11341
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9521	15435
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0611	1594
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1992
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.4286	4100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.93-1.95	0.3292	176	0.2629	3306	X-RAY DIFFRACTION	97.13
1.95-1.98	0.2683	188	0.2427	3372	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.98-2	0.2722	181	0.2246	3400	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2-2.03	0.2631	174	0.2163	3365	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.03-2.05	0.269	194	0.2146	3364	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.05-2.08	0.2604	165	0.2104	3407	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.08-2.11	0.2343	185	0.1941	3325	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.11-2.14	0.2257	159	0.1831	3433	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.14-2.17	0.2471	177	0.1891	3407	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.17-2.21	0.2575	193	0.1805	3340	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.21-2.25	0.2361	155	0.1786	3426	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.25-2.29	0.2299	161	0.1788	3398	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.29-2.33	0.2305	176	0.1742	3381	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.33-2.38	0.2217	174	0.1698	3343	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.38-2.43	0.2074	186	0.1677	3412	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.43-2.49	0.2024	176	0.1619	3369	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.49-2.55	0.208	174	0.1593	3443	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.55-2.62	0.2205	187	0.1618	3370	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.62-2.7	0.2139	180	0.1616	3361	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.7-2.78	0.2049	161	0.1677	3420	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.78-2.88	0.1757	176	0.1659	3390	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.88-3	0.2243	161	0.1588	3414	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3-3.14	0.1898	223	0.157	3366	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.14-3.3	0.2037	171	0.1547	3413	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.3-3.51	0.176	161	0.1482	3406	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.51-3.78	0.1714	174	0.1455	3426	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.78-4.16	0.1543	172	0.1394	3410	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.16-4.76	0.15	179	0.1244	3438	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.76-5.99	0.1761	189	0.1563	3421	X-RAY DIFFRACTION	99.72
5.99-38.34	0.1645	213	0.1594	3441	X-RAY DIFFRACTION	98.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.000228279681304	0.00116695523494	-0.00118940188304	0.000383956892486	-0.000722154187377	0.000925802337235	-0.0199346643656	0.0191761771844	0.0126517133208	-0.0120167166442	-0.0240056020665	-0.020991816928	0.00209908709367	-0.00711375135313	1.17844226653E-6	0.428580419061	0.0483723189939	0.0791730286421	0.335919571556	0.0586590945213	0.232436699056	-36.5508478449	-6.7244872556	31.441995836
2	0.0655154935907	-0.0479384968778	-0.00784059440636	0.0460955381213	0.00580834761633	0.0761309729166	-0.07089960922	0.0832148210795	-0.025240483487	-0.0532822473453	-0.0782880421757	-0.103590165788	0.00899317564208	0.0720736441465	-0.0734006621532	0.348975350864	0.0906147205569	0.157298534737	0.324580619385	0.0491708426074	0.245247107944	-23.8538642045	-14.6638391466	39.6771782552
3	0.00446732969365	-0.00439765645487	-0.0045983556596	0.00190997488513	0.00163991998452	0.0106893653587	-0.05243013036	-0.0111023830291	0.0219860790183	-0.0295679128728	-0.0555685917674	-0.0755837395811	0.0327841571054	0.0426919998953	-0.00034895689224	0.224257892557	0.0589939777909	0.0222656391645	0.170298432631	0.045625875931	0.194156361005	-30.4916086057	-13.5808243534	57.5353757291
4	0.0160126914204	0.0028961202928	-0.00728002102735	0.002051680944	-0.00391317289189	0.008765155732	-0.0640536920887	0.0119667696861	0.0496554365119	-0.0332504133499	-0.0439359980351	-0.0241590314869	-0.0413827889387	-0.0319368352386	-0.0384105027736	0.201980448759	0.0782927437501	-0.0101143821062	0.0970398686154	0.003573226496	0.087070233406	-45.3185566592	-10.3621473273	50.1098629142
5	0.00202837293733	-0.00221829375799	0.000633745833617	0.002518077183	-0.00228409766138	0.00332181754094	-0.010855182428	0.0205208043064	-0.0182126935082	-0.00866901551824	-0.0184665466298	0.0117314198205	0.0122919865057	-0.0323907226414	-4.08059695947E-6	0.440461423438	0.114255484062	-0.152604217704	0.419203244244	-0.0372078729009	0.267202886216	15.8512190711	-6.24005785279	31.5138737023
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
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2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 173 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 259 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 260 through 359 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 22 through 52 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 53 through 173 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 174 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 359 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 22 through 52 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 53 through 173 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 174 through 259 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 260 through 359 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 22 through 52 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 53 through 173 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 174 through 259 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 260 through 359 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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