PDB-7f82: Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7f82

タイトル

Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in complex with cellooligosaccharides from Enterobacter sp. CJF-002

要素

Glucanase

キーワード

HYDROLASE / complex / carbohydrate

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter sp. CJF-002 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Fujiwara, T. / Fujishima, A. / Yao, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2022
タイトル: Structural snapshot of a glycoside hydrolase family 8 endo-beta-1,4-glucanase capturing the state after cleavage of the scissile bond.
著者: Fujiwara, T. / Fujishima, A. / Nakamura, Y. / Tajima, K. / Yao, M.

履歴

登録	2021年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7f82.cif.gz	691.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7f82.ent.gz	473 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7f82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f82	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7f81SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7f82-3 7f81-3 3qxf-4 3qxf-3 1vd5-d 5tht-3 3otx-2 2fvl-2 2fv1-1 6ry6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glucanase

B: Glucanase

C: Glucanase

D: Glucanase

ヘテロ分子

163 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
40.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glucanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.280, 92.860, 90.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.410, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glucanase 分子量: 39435.410 Da / 分子数: 4 / 変異: D242A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacter sp. CJF-002 (バクテリア) 遺伝子: bcsZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: K0IUV6, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
糖 , 3種, 10分子

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose

#3: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 1181分子

#5: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-sodium tartrate, 20%(v/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 355775 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 16.77 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.03 / R_rim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 1.3→1.38 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 57751 / CC_1/2: 0.873 / R_rim(I) all: 0.669 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX		位相決定
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7F81

7f81

解像度: 1.3→42.51 Å / SU ML: 0.1432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.681
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1866	17934	5.04 %
R_work	0.1689	337646	-
obs	0.1698	355580	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10820	0	349	1179	12348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0139	11713
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5728	16034
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1779	1754
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	2025
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.0347	1523

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.31	0.3518	541	0.3428	10842	X-RAY DIFFRACTION	95.48
1.31-1.33	0.3136	614	0.3085	11166	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.33-1.35	0.2909	572	0.2864	11250	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.35-1.36	0.2949	586	0.2794	11225	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.36-1.38	0.2861	578	0.2552	11242	X-RAY DIFFRACTION	99.5
1.38-1.4	0.2702	607	0.2507	11268	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.4-1.42	0.242	539	0.2316	11264	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.42-1.44	0.2382	645	0.2186	11225	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.44-1.46	0.2139	606	0.2073	11274	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.46-1.49	0.2172	594	0.2025	11207	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.49-1.51	0.2408	619	0.1943	11218	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.51-1.54	0.2041	585	0.1784	11319	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.54-1.57	0.1968	657	0.1767	11183	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.57-1.6	0.2051	610	0.1762	11222	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.6-1.64	0.1892	629	0.1693	11252	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.64-1.68	0.2022	626	0.1672	11230	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.68-1.72	0.2018	615	0.1728	11266	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.72-1.76	0.1948	602	0.1693	11215	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.76-1.82	0.1994	594	0.1661	11296	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.82-1.87	0.1856	588	0.1632	11250	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.87-1.94	0.1974	629	0.1633	11240	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.94-2.02	0.1768	556	0.166	11283	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.02-2.11	0.1766	573	0.1639	11317	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.11-2.22	0.1686	615	0.1566	11209	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.22-2.36	0.1885	581	0.1611	11267	X-RAY DIFFRACTION	99.36
2.36-2.54	0.1854	565	0.1628	11333	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.54-2.8	0.1844	558	0.174	11338	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.8-3.21	0.1821	604	0.1659	11333	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.21-4.04	0.1682	621	0.1553	11405	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.04-42.51	0.158	625	0.1454	11507	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0510847799	0.0313941026049	-0.076976076436	0.0961817836204	0.0608443574936	0.128730806975	-0.0501159973183	0.052416407018	0.0430487487649	0.0312766207421	0.00180493806737	0.056218748191	0.0445077860657	-0.25700837945	-0.000690255888788	0.196935429836	-0.0222926958565	0.0316723652501	0.193813781764	-0.0195847908244	0.218912240144	-8.57817396804	6.3930288072	-32.4700189795
2	0.518306097222	-0.0882053193276	-0.339033081701	0.483225908721	-0.0665049637404	0.940039080908	0.0350260338416	-0.168218046479	0.0492385552238	0.154724392705	-0.0488199324665	0.0870061358146	-0.0598470717346	-0.183080959358	0.0124692563152	0.228699644463	0.0104493337606	0.0474137180507	0.168367852478	-0.0365879389429	0.187001293263	-2.7179417492	14.4042630481	-18.5826344519
3	0.548119471388	-0.00575788145473	-0.103133126527	0.306750903701	0.18808413724	0.649647356825	0.00679170115509	-0.151084324696	0.0342583738076	0.107358902279	-0.00299412578251	-0.0293640956419	0.00467835926397	0.112620080813	0.00203669704774	0.217338613815	0.00117181318515	-0.000350638700276	0.132321095301	-0.0158265407866	0.164076257613	16.0269974315	13.8915585833	-22.1777189352
4	0.221785676721	-0.0424910157098	-0.21925331142	0.168590846103	-0.045271702775	1.05567144032	0.00956309436664	0.116738982231	-0.0174637094755	0.0455862844438	-0.036248799266	0.0200926953452	0.0184031578264	0.037056886408	-0.0285464677462	0.130669562564	0.0093798247404	0.0165422627879	-0.00380210141934	-0.0283635983751	0.11338005077	11.1783588238	10.7605539134	-38.2378897491
5	0.168872472998	0.0403848225497	-0.0999765497762	0.129609236062	0.154058249732	0.166195629304	0.0220056666917	0.157509985222	-0.0562049919147	-0.0555874384532	-0.0395229729481	0.116723764981	0.00853653642901	-0.300612742732	3.21338093248E-5	0.198770923458	0.00420198388439	-0.0411882285407	0.329051526107	-0.0740669573582	0.240667676698	-15.8904414808	6.50872640688	20.6902883374
6	0.383534530894	0.0244393595267	-0.0586795259092	0.59355420757	0.109605194261	0.527159598767	0.0869721697403	0.341372644579	-0.097451143055	-0.176826306832	-0.0523611122854	0.0200814021207	0.0513521174375	-0.0695881812321	0.0838311189672	0.216676401611	0.0724531174529	-0.0210050396743	0.301039556311	-0.0776901530005	0.169277255112	-3.003188826	9.85768359474	9.94749126833
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8	0.397104988683	-0.0346891241777	-0.265791052725	0.324269905709	-0.215580522137	0.746805612361	0.0784640870687	0.126137985935	-0.000356143821148	0.038667565824	-0.0210963549032	0.0148127631789	-0.0296756479476	-0.154115025272	0.0592976243124	0.103979675865	0.0505354597981	0.00864305311763	0.10223074206	-0.0160053061799	0.104484235687	-5.26255782891	20.933239053	31.5810431783
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16	0.409082929453	-0.125651067326	-0.0520770339	0.28679632584	0.203798864205	0.50418879074	0.0153446657408	-0.072430982597	0.0699785994261	-0.0132840014303	0.0585500911337	-0.0710670647513	-0.0203836112837	0.133275157441	0.000135782201211	0.113405735289	-0.0123384550432	-0.0247493672243	0.13534136581	-0.0190116781964	0.149818886412	-42.8884431127	26.0872217024	-25.7376235417

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 173 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 174 through 259 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 260 through 359 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 22 through 52 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 53 through 173 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 174 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 359 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 22 through 52 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 53 through 173 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 174 through 259 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 260 through 359 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 22 through 52 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 53 through 173 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 174 through 259 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 260 through 359 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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