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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f82 | ||||||
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タイトル | Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in complex with cellooligosaccharides from Enterobacter sp. CJF-002 | ||||||
要素 | Glucanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / complex / carbohydrate (炭水化物) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulase activity / polysaccharide catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacter sp. CJF-002 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fujiwara, T. / Fujishima, A. / Yao, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2022 タイトル: Structural snapshot of a glycoside hydrolase family 8 endo-beta-1,4-glucanase capturing the state after cleavage of the scissile bond. 著者: Fujiwara, T. / Fujishima, A. / Nakamura, Y. / Tajima, K. / Yao, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7f82.cif.gz | 691.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7f82.ent.gz | 473 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7f82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/7f82 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 39435.410 Da / 分子数: 4 / 変異: D242A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter sp. CJF-002 (バクテリア) 遺伝子: bcsZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: K0IUV6, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
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-糖 , 3種, 10分子
#2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | #4: 多糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 1181分子
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M di-sodium tartrate, 20%(v/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 355775 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 16.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 21.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 57751 / CC1/2: 0.873 / Rrim(I) all: 0.669 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7F81 解像度: 1.3→42.51 Å / SU ML: 0.1432 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.681 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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