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- PDB-7e1t: Crystal structure of Rab9A-GTP-Nde1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e1t
タイトルCrystal structure of Rab9A-GTP-Nde1
要素
  • Isoform 2 of Nuclear distribution protein nudE homolog 1
  • Ras-related protein Rab-9A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab9A / Nde1 / Rab GTPase / effector
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation by host of symbiont catalytic activity / : / ciliary basal body-plasma membrane docking / kinetochore => GO:0000776 / establishment of chromosome localization / Rab protein signal transduction / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RHOBTB3 ATPase cycle ...negative regulation by host of symbiont catalytic activity / : / ciliary basal body-plasma membrane docking / kinetochore => GO:0000776 / establishment of chromosome localization / Rab protein signal transduction / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / vesicle transport along microtubule / RAB geranylgeranylation / RHOBTB3 ATPase cycle / microtubule nucleation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / spindle pole centrosome / retrograde transport, endosome to Golgi / mitotic centrosome separation / centrosome localization / kinesin complex / positive regulation of exocytosis / establishment of mitotic spindle orientation / 分裂溝 / centrosome duplication / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / phagocytic vesicle / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / 小胞 / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / trans-Golgi network membrane / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / 動原体 / cerebral cortex development / phagocytic vesicle membrane / Separation of Sister Chromatids / GDP binding / regulation of protein localization / G2/M transition of mitotic cell cycle / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / 遊走 / メラノソーム / late endosome / protein transport / microtubule binding / 微小管 / 細胞分化 / リソソーム / 細胞分裂 / ゴルジ体 / GTPase activity / 中心体 / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / extracellular exosome / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
NUDE domain / NUDE family / NUDE protein, C-terminal conserved region / Rab9 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ ...NUDE domain / NUDE family / NUDE protein, C-terminal conserved region / Rab9 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / Ras-related protein Rab-9A / Nuclear distribution protein nudE homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhang, T. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31530013 and 31870722 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Nde1 is a Rab9 effector for loading late endosomes to cytoplasmic dynein motor complex.
著者: Zhang, Y. / Chen, Z. / Wang, F. / Sun, H. / Zhu, X. / Ding, J. / Zhang, T.
履歴
登録2021年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-9A
B: Ras-related protein Rab-9A
C: Isoform 2 of Nuclear distribution protein nudE homolog 1
D: Isoform 2 of Nuclear distribution protein nudE homolog 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1518
ポリマ－63,0564
非ポリマー1,0954
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.421, 67.646, 118.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-9A


分子量: 22977.727 Da / 分子数: 2 / 断片: GTPase domain / 変異: Q66L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB9A, RAB9 / プラスミド: pETM30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P51151
#2: タンパク質 Isoform 2 of Nuclear distribution protein nudE homolog 1 / NudE


分子量: 8550.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDE1, NUDE / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NXR1
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5 and 25% PEG 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月7日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.75 Å / Num. obs: 18238 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 912 / CC1/2: 0.715 / % possible all: 65.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QXA

4qxa


解像度: 2.45→47.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 19.188 / SU ML: 0.217 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2438 926 5.1 %RANDOM
Rwork0.1937 ---
obs0.1962 17293 88.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.69 Å2 / Biso mean: 37.781 Å2 / Biso min: 14.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å2-0 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→47.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 66 153 3439
Biso mean--34.59 40.94 -
残基数----402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.023359
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9674554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8195400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.93424.368174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.87515563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9651523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022555
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr16.97133266
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.25753203
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 51 -
Rwork0.279 944 -
all-995 -
obs--65.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0274-0.02880.03890.0707-0.10450.15870.0047-0.01340.0038-0.00170.0018-0.00280.0007-0.0096-0.00650.0016-0.0010.00250.0952-0.0030.03482.8189-19.5085-7.5905
20.31660.11240.04570.0859-0.00890.29870.01010.0087-0.0012-0.0070.009-0.01120.03340.0102-0.01910.01520.007-0.00160.0931-0.0030.015617.5434-50.163922.9387
30.0071-0.0152-0.03650.03370.07480.21570.00280.00660.0032-0.0067-0.0231-0.0128-0.0157-0.03730.02030.0023-0.00520.00280.1080.01130.05491.5847-41.76893.2712
40.1554-0.16810.04510.182-0.04880.0131-0.0324-0.0210.0180.03780.0248-0.0171-0.0101-0.00590.00760.0102-0.0121-0.00450.12290.00190.03725.1228-33.073311.477
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3C98 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4D97 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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