[日本語] English
万見
- PDB-7dfo: Crystal structure of glycoside hydrolase family 11 beta-xylanase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dfo
タイトルCrystal structure of glycoside hydrolase family 11 beta-xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86 in complex with 4-O-methyl-alpha-D-glucuronopyranosyl xylotetraose
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase family 11
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. ...Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Kaneko, S.
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2021
タイトル: Structure-based substrate specificity analysis of GH11 xylanase from Streptomyces olivaceoviridis E-86.
著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Teramoto, K. / Tsutsui, S. / Kaneko, S.
履歴
登録2020年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
B: Endo-1,4-beta-xylanase
C: Endo-1,4-beta-xylanase
D: Endo-1,4-beta-xylanase
E: Endo-1,4-beta-xylanase
F: Endo-1,4-beta-xylanase
G: Endo-1,4-beta-xylanase
H: Endo-1,4-beta-xylanase
I: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,67773
ポリマ－202,8369
非ポリマー5,84164
水15,277848
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1528
ポリマ－22,5371
非ポリマー6157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3685
ポリマ－22,5371
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3789
ポリマ－22,5371
非ポリマー8408
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,80710
ポリマ－22,5371
非ポリマー2699
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1528
ポリマ－22,5371
非ポリマー6157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3685
ポリマ－22,5371
非ポリマー8314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5087
ポリマ－22,5371
非ポリマー9716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6795
ポリマ－22,5371
非ポリマー1424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,26616
ポリマ－22,5371
非ポリマー72915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.709, 142.709, 72.454
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質
Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 22537.367 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GB LC578783
由来: (組換発現) Streptomyces olivaceoviridis (バクテリア)
株: E-86 / 遺伝子: soxB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7G1MBT0*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖
beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-xylopyranose-(1-4)- ...4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-[beta-D-xylopyranose-(1-4)]beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 736.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,5,4/[a212h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5_4*OC]/1-1-1-2-1/a4-b1_b4-c1_c2-d1_c4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-D-GlcpA4Me]{}[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)- ...4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 604.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,4,3/[a212h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5_4*OC]/1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-D-GlcpA4Me]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 904分子

#6: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 848 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % / 解説: rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 2.9 M sodium chloride, 0.1 M sodium citrate buffer pH 5.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 110677 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.839 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 11151

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
DENZOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DFM

7dfm


解像度: 2→47.061 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.858 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 5434 4.911 %
Rwork0.1651 105212 -
all0.168 --
obs-110646 99.239 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.856 Å20.428 Å20 Å2
2--0.856 Å20 Å2
3----2.776 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.061 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13486 0 328 848 14662
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01214219
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01811524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.68119401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3651.59626778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.31651738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06722.158732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.709151899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.471567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.22148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.210443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.26776
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0820.26344
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0890.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2060.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1450.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1130.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2563.2386973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2563.2386972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9784.8418701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9784.8418702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8453.5217246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8443.5217246
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1615.19810699
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1615.19910700
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.28136.57615842
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.2836.5615835
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.0520.2724100.2337827X-RAY DIFFRACTION99.8545
2.052-2.1080.2584620.2117575X-RAY DIFFRACTION100
2.108-2.1690.2474080.2047383X-RAY DIFFRACTION100
2.169-2.2360.2583760.197260X-RAY DIFFRACTION99.9869
2.236-2.3090.2473570.186946X-RAY DIFFRACTION100
2.309-2.390.263380.186834X-RAY DIFFRACTION99.9582
2.39-2.4810.2343400.1726487X-RAY DIFFRACTION99.9854
2.481-2.5820.243760.186300X-RAY DIFFRACTION99.985
2.582-2.6970.2413290.1865957X-RAY DIFFRACTION99.9682
2.697-2.8280.242640.1835787X-RAY DIFFRACTION99.9339
2.828-2.9810.2752700.1845485X-RAY DIFFRACTION99.74
2.981-3.1620.2222580.1725168X-RAY DIFFRACTION99.5962
3.162-3.380.1952320.1634828X-RAY DIFFRACTION99.0603
3.38-3.6510.2012180.1494468X-RAY DIFFRACTION98.239
3.651-3.9990.1711580.1384135X-RAY DIFFRACTION97.1927
3.999-4.470.1742010.1193512X-RAY DIFFRACTION93.9524
4.47-5.160.1691540.133137X-RAY DIFFRACTION94.1092
5.16-6.3170.1961310.1482754X-RAY DIFFRACTION98.2295
6.317-8.9230.1841000.1522198X-RAY DIFFRACTION99.6963
8.923-47.0610.202520.181171X-RAY DIFFRACTION98.4702

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る