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- PDB-7dei: Structure of human ORP3 ORD domain in complex with PI(4)P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dei
タイトルStructure of human ORP3 ORD domain in complex with PI(4)P
要素Oxysterol-binding protein-related protein 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / phosphoinositide oxysterol-binding protein lipid transfer protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / bile acid biosynthetic process / perinuclear endoplasmic reticulum / filopodium tip / cholesterol binding / Synthesis of bile acids and bile salts / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / 生体膜 ...: / bile acid biosynthetic process / perinuclear endoplasmic reticulum / filopodium tip / cholesterol binding / Synthesis of bile acids and bile salts / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin homology domain 8 / Pleckstrin homology domain / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIF / Oxysterol-binding protein-related protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tong, J. / Tan, L. / Im, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A2C1085530 韓国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2021
タイトル: Structure of human ORP3 ORD reveals conservation of a key function and ligand specificity in OSBP-related proteins.
著者: Tong, J. / Tan, L. / Im, Y.J.
履歴
登録2020年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxysterol-binding protein-related protein 3
B: Oxysterol-binding protein-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,2144
ポリマ－89,8812
非ポリマー1,3332
水91951
1
A: Oxysterol-binding protein-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6072
ポリマ－44,9411
非ポリマー6671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oxysterol-binding protein-related protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6072
ポリマ－44,9411
非ポリマー6671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.801, 95.801, 190.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質 Oxysterol-binding protein-related protein 3 / OSBP-related protein 3


分子量: 44940.535 Da / 分子数: 2 / 変異: C515S, C520S, deletion D859, D861G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OSBPL3, KIAA0704, ORP3, OSBP3 / プラスミド: pHis-GEX-4T / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H4L5
#2: 化合物 ChemComp-PIF / (2R)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctanoate / L-ALPHA-D-MYOPHOSPHATIDYLINOSITOL 4-PHOSPHATE / D(+)SN1,2DI-O-OCTANOYLGLYCERYL


分子量: 666.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H48O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES-NaOH pH 6.0, 25% PEG 1500, 0.1 M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 31618 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 57.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 1364 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4INQ

4inq


解像度: 2.6→46.45 Å / SU ML: 0.385 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 2013 6.38 %
Rwork0.2203 29516 -
obs0.2234 31529 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6172 0 86 51 6309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01066438
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61238720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01131876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.73062388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.670.43921410.31872076X-RAY DIFFRACTION99.02
2.67-2.740.38361430.29032077X-RAY DIFFRACTION99.95
2.74-2.820.37931410.28212068X-RAY DIFFRACTION99.77
2.82-2.910.32721490.27552108X-RAY DIFFRACTION99.96
2.91-3.020.35371380.27662082X-RAY DIFFRACTION99.95
3.02-3.140.32661430.25452093X-RAY DIFFRACTION99.91
3.14-3.280.29921420.27042098X-RAY DIFFRACTION99.78
3.28-3.450.30751420.23532107X-RAY DIFFRACTION99.91
3.45-3.670.28671450.22332115X-RAY DIFFRACTION99.74
3.67-3.950.2631430.2162115X-RAY DIFFRACTION99.82
3.95-4.350.24331410.19922111X-RAY DIFFRACTION98.99
4.35-4.980.21451440.18462075X-RAY DIFFRACTION97.2
4.98-6.270.26271490.21222154X-RAY DIFFRACTION99.35
6.27-46.450.20651520.18492237X-RAY DIFFRACTION97.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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