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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dbh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The mouse nucleosome structure containing H3mm18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / complex / chromatin / nucleosome / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Inhibition of DNA recombination at telomere / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / G2/M DNA damage checkpoint / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / HDMs demethylate histones / Cleavage of the damaged purine / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Condensation of Prophase Chromosomes ...Inhibition of DNA recombination at telomere / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / G2/M DNA damage checkpoint / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / HDMs demethylate histones / Cleavage of the damaged purine / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Condensation of Prophase Chromosomes / Metalloprotease DUBs / HDACs deacetylate histones / PRC2 methylates histones and DNA / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / UCH proteinases / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / PKMTs methylate histone lysines / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / Estrogen-dependent gene expression / Ub-specific processing proteases / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / heterochromatin formation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hirai, S. / Takizawa, Y. / Kujirai, T. / Kurumizaka, H. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 12件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Unusual nucleosome formation and transcriptome influence by the histone H3mm18 variant. 著者: Seiya Hirai / Kosuke Tomimatsu / Atsuko Miyawaki-Kuwakado / Yoshimasa Takizawa / Tetsuro Komatsu / Taro Tachibana / Yutaro Fukushima / Yasuko Takeda / Lumi Negishi / Tomoya Kujirai / Masako ...著者: Seiya Hirai / Kosuke Tomimatsu / Atsuko Miyawaki-Kuwakado / Yoshimasa Takizawa / Tetsuro Komatsu / Taro Tachibana / Yutaro Fukushima / Yasuko Takeda / Lumi Negishi / Tomoya Kujirai / Masako Koyama / Yasuyuki Ohkawa / Hitoshi Kurumizaka / 要旨: Histone H3mm18 is a non-allelic H3 variant expressed in skeletal muscle and brain in mice. However, its function has remained enigmatic. We found that H3mm18 is incorporated into chromatin in cells ...Histone H3mm18 is a non-allelic H3 variant expressed in skeletal muscle and brain in mice. However, its function has remained enigmatic. We found that H3mm18 is incorporated into chromatin in cells with low efficiency, as compared to H3.3. We determined the structures of the nucleosome core particle (NCP) containing H3mm18 by cryo-electron microscopy, which revealed that the entry/exit DNA regions are drastically disordered in the H3mm18 NCP. Consistently, the H3mm18 NCP is substantially unstable in vitro. The forced expression of H3mm18 in mouse myoblast C2C12 cells markedly suppressed muscle differentiation. A transcriptome analysis revealed that the forced expression of H3mm18 affected the expression of multiple genes, and suppressed a group of genes involved in muscle development. These results suggest a novel gene expression regulation system in which the chromatin landscape is altered by the formation of unusual nucleosomes with a histone variant, H3mm18, and provide important insight into understanding transcription regulation by chromatin. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dbh.cif.gz | 256 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dbh.ent.gz | 189.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dbh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dbh_validation.pdf.gz | 783.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dbh_full_validation.pdf.gz | 799.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dbh_validation.xml.gz | 31.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dbh_validation.cif.gz | 49.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7dbh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/7dbh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15350.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: タンパク質 | 分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 遺伝子: Hist1h4a, Hist1h4b, H4-53, Hist1h4c, H4-12, Hist1h4d, Hist1h4f, Hist1h4h, Hist1h4i, Hist1h4j, Hist1h4k, Hist1h4m, Hist2h4a, Hist2h4, Hist4h4 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62806 #3: タンパク質 | 分子量: 14447.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hist1h2ab / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0HKE1 #4: タンパク質 | 分子量: 14307.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hist3h2ba / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D2U9 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 44520.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 44991.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The mouse nucleosome containing H3mm18 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 56.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 274546 / 対称性のタイプ: POINT |